基于标识符提取图形并在 igraph 中计算网络度量答案

【问题标题】：Extract graphs based on identifier and calculate network measures in igraph基于标识符提取图形并在 igraph 中计算网络度量
【发布时间】：2019-12-11 21:58:37
【问题描述】：

我想单独分析网络中的组。例如igraphdata包中的英国教员数据有一些网络数据，节点级别有组信息。

library(igraph)
library(igraphdata)
data("UKfaculty")

V(UKfaculty)$Group

我想基于 4 个组提取网络，并在提取的图上运行一些计算（密度、平均度、直径、聚类系数等），并根据数据帧中的组存储这些信息。我想仅根据组内的节点而不是整个网络级别来计算度量（例如，仅根据组 1 中的连接计算中心性，而不考虑与其他组的连接）。

Group    density    diameter
    1          x           x
    2          x           x
    3          x           x

知道如何有效地做到这一点吗？

【问题讨论】：

标签： r igraph

【解决方案1】：

您可以使用induced_subgraph 根据每个组的顶点list 提取子图。

library(igraph)
library(igraphdata)

data("UKfaculty")
ig <- UKfaculty

# `list` of vertices for every group        
idx <- split(V(ig), V(ig)$Group)

# Create subgraphs based on the `list` of vertices
lst <- lapply(idx, function(v) induced_subgraph(ig, v))

然后直接计算任何特定于子图的指标，例如

do.call(rbind, lapply(lst, function(ig)
    data.frame(
        Group = unique(V(ig)$Group),
        density = edge_density(ig),
        diameter = diameter(ig))))
#  Group   density diameter
#1     1 0.3001894       21
#2     2 0.3561254       12
#3     3 0.2807018       14
#4     4 1.0000000       12

【讨论】：