plot.window(...) 中的错误：在 plot.phylo 中需要有限的“xlim”值答案

【问题标题】：Error in plot.window(...) : need finite 'xlim' values in plot.phyloplot.window(...) 中的错误：在 plot.phylo 中需要有限的“xlim”值
【发布时间】：2015-02-05 15:21:23
【问题描述】：

我可以使用 hclust 类绘制树状图，但是当我尝试将其转换为 ape 包中的 as.phylo 时，它给了我绘图的错误

plot.window(...) 中的错误：需要有限的“xlim”值

知道什么会导致问题吗？

谢谢，

mymerge<-Merg_Mat
myheight<-cumsum(abs(diff(ll)))
myhclust=list(order=lab,merge=mymerge,height=myheight)
class(myhclust)="hclust"
plot(as.phylo(myhclust),edge.col=colors,edge.width = 2, edge.lty =1,font=1)

【问题讨论】：

标签： r

【解决方案1】：

我的猜测是这个数字对于你的窗口来说太大了，试着把它输出到一个文件中。

pdf("my_plot.pdf")
plot(as.phylo(myhclust),edge.col=colors,edge.width = 2, edge.lty =1,font=1)
dev.off()

如果您阅读plot.phylo 功能代码，您会看到xlim 设置为c(0, depth_of_your_tree)。所以如果它对于设备来说太大了（窗口或后记，see here，那只是因为你的树太深了。

PDF 最大页面大小应该可以容纳您的图。

【讨论】：

我实际上是在尝试将输出保存在 postscript 文件中！那个维度也很重要吗？谢谢，
好吧，我认为事实并非如此！我只需要知道 phylo 类中的 x 来自哪里！
所以 pdf 导出也不起作用？ xlim 维度之一设置为不存在的值仍然是一个问题。 xlim 设置在 plot.phylo 中，但您可以将其作为参数 x.lim=c(xmin, xmax) 来解决您的问题。
我应该在 x.lim 中放什么！我尝试了从 1 到 54 的标签范围，但是没有用！只有两条相互连接的线，我相信这是树状图上最顶层的。
xlim 必须是大小为 2 的向量 c(xmin, xmax)。您应该输入xmin=0，这就是绘图功能中所做的。 xmax 必须足够大以适合整个树，但不能太大，否则错误会再次出现。你应该为xmax尝试不同的值