控制 R igraph 中节点和边的绘制顺序？答案

【问题标题】：Control the order in which nodes and edges are drawn in R igraph?控制 R igraph 中节点和边的绘制顺序？
【发布时间】：2019-01-15 19:33:42
【问题描述】：

是否可以控制在igraph 图中绘制节点和边的顺序？类似于ggplot2 在数据框中按照它们在arranged 的顺序绘制点的方式。我知道绘制的节点和边缘肯定会重叠，但我希望能够控制哪些最明显（即绘制在顶部的那些）。我有一个下面有一些重叠的图表。

library(igraph)
library(scales)
col_fun <- colorRampPalette(c('tomato', 'skyblue'))

g <- erdos.renyi.game(100, .025)

V(g)$label <- NA
V(g)$size <- scales::rescale(degree(g), c(5,15))

V(g)$color <- col_fun(vcount(g))

E(g)$color <- col_fun(ecount(g))

plot(g)

【问题讨论】：

标签： r plot igraph

【解决方案1】：

就像在ggplot2 中我们查看数据框中的行号一样，在igraph 中我们也查看顶点ID。举个例子，让

set.seed(1)
g <- erdos.renyi.game(100, .05)
V(g)$name <- 1:100
V(g)$size <- scales::rescale(degree(g), c(3, 20))
V(g)$color <- col_fun(vcount(g))
V(g)$color[92] <- "#FF0000"
V(g)$color[2] <- "#00FF00"
plot(g)

这里的顶点 2 是小而绿色的，而顶点 92 是大而红色的。请注意，顶点已命名。还可以看到具有较高数字的顶点位于具有较低数字的顶点之上（顶点名称也对应于它们的顺序）。另一方面，

set.seed(1)
g <- erdos.renyi.game(100, .05)
V(g)$name <- 1:100
idx <- 1:100
idx[c(92, 2)] <- c(2, 92)
g <- permute(g, idx)
V(g)$size <- scales::rescale(degree(g), c(3, 20))
V(g)$color <- col_fun(vcount(g))
V(g)$color[2] <- "#FF0000"
V(g)$color[92] <- "#00FF00"
plot(g)

现在顶点 92 低于其他顶点，顶点 2 实际上也相当高。这是因为permute 切换了顶点 2 和 92：

idx <- 1:100
idx[c(92, 2)] <- c(2, 92)
g <- permute(g, idx)

这不是特别方便，但我不知道有任何其他方法可以重新排序顶点。

【讨论】：