在 R 中绘制家谱答案

【问题标题】：Plot a genealogy in R在 R 中绘制家谱
【发布时间】：2018-02-26 05:13:32
【问题描述】：

d = data.frame(
   offspring = c("G2I1", "G2I2", "G2I3", "G3I1", "G3I2", "G3I3", "G3I4", "G4I1", "G4I2", "G4I3", "G4I4", "G5I1", "G5I2", "G5I3"  ),
   parent1   = c("G1I1", "G1I2", "G1I1", "G2I1", "G2I3", "G2I1", "G2I3", "G3I2", "G3I2", "G3I1", "G3I4", "G4I3", "G4I3", "G4I1" ),
   parent2   = c("G1I3", "G1I2", "G1I2", "G2I2", "G2I2", "G2I2", "G2I3", "G3I4", "G3I1", "G3I2", "G3I4", "G4I1", "G4I1", "G4I2" )
)

print(d)

        offspring parent1 parent2
    1       G2I1    G1I1    G1I3  # generation 2
    2       G2I2    G1I2    G1I2  # generation 2
    3       G2I3    G1I1    G1I2  # generation 2
    4       G3I1    G2I1    G2I2  # generation 3
    5       G3I2    G2I3    G2I2  # generation 3
    6       G3I3    G2I1    G2I2  # generation 3
    7       G3I4    G2I3    G2I3  # generation 3
    8       G4I1    G3I2    G3I4  # generation 4
    9       G4I2    G3I2    G3I1  # generation 4
    10      G4I3    G3I1    G3I2  # generation 4
    11      G4I4    G3I4    G3I4  # generation 4
    12      G5I1    G4I3    G4I1  # generation 5
    13      G5I2    G4I3    G4I1  # generation 5
    14      G5I3    G4I1    G4I2  # generation 5

数据表示

这些数据代表一个家谱。每条线表示一个后代和它的两个父母。我称它们为parent1 和parent2，因为它们是雌雄同体。而且，他们可以克隆自己！世代不重叠，这意味着n一代的后代的所有父母都出生在n-1一代。

让我们考虑一个例子。个人G3I4出生于第3代（G3），是这一代的个人索引4（I4；索引只是一个ID）。此人是个人G4I1 和个人G4I4 的父母。事实上，G3I4 是G4I4 的唯一父母，因为她克隆了自己。

问题

如何在R 中绘制这个家谱？

相关帖子

How to plot family tree in R 的帖子非常相关，但我未能将其应用于我的数据。第一个问题使用我不太熟悉的igraph。但是我没有得到任何好看的东西

d = tibble(
       offspring = c("G2I1", "G2I2", "G2I3", "G3I1", "G3I2", "G3I3", "G3I4", "G4I1", "G4I2", "G4I3", "G4I4", "G5I1", "G5I2", "G5I3"  ),
       parent1   = c("G1I1", "G1I2", "G1I1", "G2I1", "G2I3", "G2I1", "G2I3", "G3I2", "G3I2", "G3I1", "G3I4", "G4I3", "G4I3", "G4I1" ),
       parent2   = c("G1I3", "G1I2", "G1I2", "G2I2", "G2I2", "G2I2", "G2I3", "G3I4", "G3I1", "G3I2", "G3I4", "G4I1", "G4I1", "G4I2" )
    )

d2 = data.frame(from=c(d$parent1,d$parent2), to=rep(d$offspring,2))
g=graph_from_data_frame(d2)
co=layout.reingold.tilford(g, flip.y=T)
plot(g,layout=co)

但图中缺少一些没有留下任何后代的个体。

第二个答案使用kinship2。据我了解，kinship2 无法处理无性繁殖。

【问题讨论】：

这张图有什么问题？您的预期输出是什么？

标签： r plot graph igraph genealogy

【解决方案1】：

我唯一看到错误的是 G1 中的重叠节点。有了更多信息，我很乐意根据需要调整输出。

library(igraph)
d = data.frame(
  offspring = c("G2I1", "G2I2", "G2I3", "G3I1", "G3I2", "G3I3", "G3I4", "G4I1", "G4I2", "G4I3", "G4I4", "G5I1", "G5I2", "G5I3"  ),
  parent1   = c("G1I1", "G1I2", "G1I1", "G2I1", "G2I3", "G2I1", "G2I3", "G3I2", "G3I2", "G3I1", "G3I4", "G4I3", "G4I3", "G4I1" ),
  parent2   = c("G1I3", "G1I2", "G1I2", "G2I2", "G2I2", "G2I2", "G2I3", "G3I4", "G3I1", "G3I2", "G3I4", "G4I1", "G4I1", "G4I2" ),
  stringsAsFactors = F
)

d2 = data.frame(from=c(d$parent1,d$parent2), to=rep(d$offspring,2))
g=graph_from_data_frame(d2)
#co=layout.reingold.tilford(g, flip.y=T)
co1 <- layout_as_tree(g, root = which(grepl("G1", V(g)$name)))
#plot(g,layout=co, edge.arrow.size=0.5)
plot(g,layout=co1, edge.arrow.size=0.25)

【讨论】：