igraph 添加到地理地图

Question

我将 R 用于网络。我使用了“network”包，但现在使用的是“igraph”。

我可以使用地理坐标绘制 igraph。 我可以使用“maptools”(readShapePoly) 绘制地图。

如何在地图上绘制 igraph？

我尝试了 new=FALSE 和 add=TRUE 但它不起作用，绘制 igraph 对象总是被覆盖。

greece <- readShapePoly.("Z:/GeoData/World_data/Basemaps/Greece/GRC_adm1.shp")

df<-data.frame("from" = c.("Athens", "Iraklio", "Thessaloniki", "Patra"), "to"= c("Thessaloniki", "Thessaloniki", "Athens", "Iraklio"))
meta <- data.frame("name"=c("Athens", "Iraklio", "Thessaloniki", "Patra"), 
               "lon"=c(23.72800,25.13356,22.94090,21.73507),  
               "lat"=c(37.98415,35.33349,40.63229,38.24628))


#plot it
g <- graph.data.frame(df, directed=T, vertices=meta)
lo <- layout.norm(as.matrix(meta[,2:3]))
plot(greece)
plot.igraph(g, layout=lo, add = T)

我见过这个解决方案，但我不想使用 cario 库，因为我使用的是地理数据，而不是图像作为基础图。 Using geo-coordinates as vertex coordinates in the igraph r-package

Answer 1

你可以这样做：

library(raster)
library(igraph)
greece <- getData('GADM', country='GRC', level=1)
df<-data.frame("from" = c("Athens", "Iraklio", "Thessaloniki", "Patra"), "to"= c("Thessaloniki", "Thessaloniki", "Athens", "Iraklio"))
meta <- data.frame("name"=c("Athens", "Iraklio", "Thessaloniki", "Patra"), 
               "lon"=c(23.72800,25.13356,22.94090,21.73507),  
               "lat"=c(37.98415,35.33349,40.63229,38.24628))
g <- graph.data.frame(df, directed=T, vertices=meta)
lo <- as.matrix(meta[,2:3])
plot(greece)
plot(g, layout=lo, add = TRUE, rescale = FALSE)

显然您不想将布局坐标标准化为从 -1 到 1 的比例，因为您的地理图不使用该比例。所以没有layout.norm()。但是，似乎最新的igraph 默认情况下会自动标准化坐标。一开始在文档中没有找到负责的rescale参数，只好用debug(plot.igraph)去追踪查看。 （尽管它记录在 ?igraph.plotting 中。）如果您设置了 rescale=FALSE 和 add=TRUE，那么它应该可以按预期工作。