R：分类变量的共频表 - heatmap / geom_tile

Question

您好，我想创建显示多个变量的共频的热图 让我们看一些代码：

a <- c(1,1,1,1)
b <-c(1,1,1,0)
c<- c(1,1,0,0)
d <- c(1,0,0,0)

df <- cbind(a,b,c,d)
df
     a b c d
[1,] 1 1 1 1
[2,] 1 1 1 0
[3,] 1 1 0 0
[4,] 1 0 0 0

'1' 表示现象的发生 '0' 现象​​没有出现

a 和 b 同频为 75% a 和 c 同频为 50% ...

最后，我想要一个 4x4 矩阵，在 x 和 y 轴上带有列名，并在瓷砖 % 的共频中 a vs a = 100%，a vs. b = 75% 等等。

我可以请求一些帮助吗？

---

来自 cmets 的解决方案生成：

library(tidyr)
library(ggplot2)
a <- c(1,1,1,1)
b <-c(1,1,1,0)
c<- c(1,1,0,0)
d <- c(1,0,0,0)
df <- cbind(a,b,c,d)
calc_freq <- function(x, y) {
  mean(df[, x] == df[, y] & df[, x] == 1 & df[, y] == 1)
}
mat <- outer(colnames(df), colnames(df), Vectorize(calc_freq))
mat
dimnames(mat) <- list(colnames(df), colnames(df))
mat %>% as_tibble() %>% gather %>% ggplot() + aes(key, value) + geom_tile()

我宁愿将来自mat 的 % 作为填充，将 x 轴和 y 轴作为 dinnames(mat)

Answer 1

应该有一个函数直接执行此操作，这是一种使用outer 的基本 R 方法。我们编写了一个计算比率的函数

calc_freq <- function(x, y) {
    mean(df[, x] == df[, y] & df[, x] == 1 & df[, y] == 1)
}

并使用outer 应用它

mat <- outer(colnames(df), colnames(df), Vectorize(calc_freq))
mat

#     [,1] [,2] [,3] [,4]
#[1,] 1.00 0.75 0.50 0.25
#[2,] 0.75 0.75 0.50 0.25
#[3,] 0.50 0.50 0.50 0.25
#[4,] 0.25 0.25 0.25 0.25

如果您想要行名和列名，我们可以使用dimnames

dimnames(mat) <- list(colnames(df), colnames(df))

这会计算 1 在同一位置的两列中出现的比率。

为了得到我们可以做的情节

library(tidyverse)

data.frame(mat) %>%
    rownames_to_column() %>%
    gather(key, value, -rowname) %>%
    ggplot() + aes(rowname, key, fill = value) + 
    geom_tile()