在 R 中选择热图的列答案

【问题标题】：Select columns for heatmap in R在 R 中选择热图的列
【发布时间】：2010-06-02 14:41:30
【问题描述】：

我再次需要你的帮助:)

我编写了一个 R 脚本，它从给定的制表符分隔的 txt 或 xls 文件生成热图。目前，我在 xls 文件中手动删除了我不想在热图中包含的所有列。现在我想自动化它，但我不知道如何:(

所有 xls 文件中有趣的列都以相同的开头，后跟一个单独的名称：

xls 文件 1：L1_tpm_xxxx L2_tpm_xxxx L3_tpm_xxxx

xls 文件 2：L1_tpm_xxxx L2_tpm_xxxx L3_tpm_xxxx L4_tpm_xxxx L5_tpm_xxxx

任何想法如何选择这些列？

谢谢你的期待，菲利普

【问题讨论】：

标签： r heatmap

【解决方案1】：

您可以使用（如果您已在 data.frame df 中读取数据）：

df <- df[,grep("^L[[:digit:]]+_tpm.*",colnames(df))]

或者你可以明确地写出你想要的列：

df <- df[,c("L1_tpm_xxxx","L2_tpm_xxxx","L3_tpm_xxxx")]

等等……

下面的link很有用；-)

【讨论】：

对于名为“L10_tpm_abcd”的列，您的代码不会成功。我建议“^L[0-9]+_tpm”
首先感谢您的帮助！我将 read.table 用于 txt 文件，但将“gdata”包中的 read.xls 用于 excel 文件。还没来得及测试，但这对 read.xls 也有效吗？
gd047：感谢您的评论，代码已相应更改。 Philipp：我猜 'read.xls' 正在读取 data.frame 中的数据，所以它应该也能正常工作。

【解决方案2】：

如果您认为列位置将在 Excel 工作表中固定，这里最简单的解决方案是仅使用列索引。例如，如果您使用 read.table 将制表符分隔的文本文件导入为 data.frame，然后决定只保留前两列，则可以执行以下操作：

data <- read.table("path_to_file.txt", header=T, sep="\t")
data <- data[,1:2]

【讨论】：