R - 热图 - 列宽（布局？）答案

【问题标题】：R - heatmap - width of columns (layout?)R - 热图 - 列宽（布局？）
【发布时间】：2015-07-07 14:56:05
【问题描述】：

我在 R 上使用 heatpmap.2() 来表示不同样本中的一些基因表达。但是我尝试了很多东西，但我无法控制样本的宽度。基本上这是我的代码：

heatmap.2( t(logM[1:6,1:500]), 
       Colv=NA, 
       col=my_palette, 
       colsep=3,
       trace=c("none"),
       density.info=c("none"),
       adjCol = c(1,1), #more or less move text 
       cexRow = 0.1, 
       xlab="Mices")

我想缩小我的列的大小（对应于我的示例，我有 6 个示例，即 6 列，我无法发布任何图片作为插图，抱歉）。我在互联网上找了一段时间，但找不到我要找的东西。

非常感谢您的帮助，我认为这可以在 1 或 2 行内解决，但是当您没有找到时...

最好的问候，

【问题讨论】：

附带说明，即使您的实际数据是机密的，提供模拟数据集也是一个好主意。

标签： r bioinformatics heatmap

【解决方案1】：

我会推荐使用pheatmap 库。它不仅提供了合理的默认参数，而且还易于定制。

edata <- structure(list(Controll = c(1.88652404567248, 7.56216163122565, 
5.14725899353288, 6.08609722473225, -0.299183966356617, 4.25027223369266, 
5.45902343668683, 5.85281618559412, 2.93112975036833, 6.12522039745773
), Controll.1 = c(2.29406389045036, 6.97597451795928, 4.5147662930767, 
6.09625239882511, 0.921990457532795, 4.17832412568404, 5.95377074638688, 
5.37442992479651, 0.54939804990357, 6.72853709005767), Pert. =
c(1.79358946043894, 
7.90872166216125, 5.1124575575158, 6.29352463374008, 0.891739809245287, 
4.84160106842908, 5.07613585232771, 3.61007431367141, 2.44943490047975, 
5.27177316582586), Pert..1 = c(2.20978097040356, 7.57067518392199, 
4.59252962972135, 5.91408661908659, -0.339030105179552, 4.25593889774791, 
4.80784977136993, 3.46482298621816, 2.34957363521685, 4.47242819598903
)), .Names = c("Controll", "Controll.1", "Pert.", "Pert..1"),
row.names = c("ACRV1", 
"DUSP1", "GAB1", "KIF1C", "LASS1", "MITD1", "NR2C2AP", "PLEKHG2", 
"TEKT3", "ZDHHC20"), class = "data.frame")


library(pheatmap)
pheatmap(edata)

pheatmap(edata, cellwidth=25)

【讨论】：

好的，非常感谢这个库。 Cellwidth 正是我正在寻找的那种参数。我会训练自己使用这个库。我不能发布我的热图的任何图片不是因为我的数据，而是因为我是新成员，我不能放任何链接或图片。无论如何再次感谢:)
不客气。你可以找到更复杂一点的例子here。