R中data.frame的迭代wilcox

Question

我正在尝试，或者更确切地说，我希望我可以尝试，在 R 中编写一个循环，以迭代方式执行 Wilcoxon 测试 (wilcox.test)，比较 data.frame 每一行中的两组值，并为每一行返回 p 值，然后将其放入具有关联行标签的数据框中。 data.frame如下：

> tab[1:5,]
  mol     E12     E15     E22     E25     E26     E27     E38      E44     E47
1   A 7362.40 2475.93 3886.06 5825.59 6882.00 3250.05 3406.65  6416.29 7786.73
2   B 5391.42 2037.88 3330.05 4043.83 5766.20 2591.69 3603.95 14431.89 8320.70
3   C 1195.89  241.24  252.46  865.97 1970.28  899.22  346.36  1135.86 1179.31
4   D  502.64  171.41  434.29  508.22  419.34  260.13  298.14   326.70  167.07
5   E  181.63  171.41  165.30  150.47  164.09  109.19  122.76   212.74  155.60

列标签为：mol，评估的特定分子（约20）； E12 到 E47 是测量每个分子值的样品。 要比较的组是： 磷；样品 E12、E25、E26、E27、E44。 D;样品 E15、E22、E38、E47。 输出应如下所示：

mol p-value
A   1
B   0.5556
C   0.9048
etc.    

我尝试使用 for in 循环，但我绝对无法在这个复杂的上下文中管理它。 对于像我这样的新手来说，对 cme​​ts 的任何帮助都非常感谢。

Answer 1

apply() 像矩阵和数组上的循环器一样工作。在这种情况下，margin=1 会沿着行循环。每一行，临时转换成一个向量x，被传递给function(x) wilcox.test(x[P], x[D])$p.value，结果是每行一个p值。 P 和 D 是逻辑向量，用于指定每个样本中应使用 x 中的哪些元素。

tab0 <- read.table(text="mol E12 E15 E22 E25 E26 E27 E38 E44 E47
   A 7362.40 2475.93 3886.06 5825.59 6882.00 3250.05 3406.65  6416.29 7786.73
   B 5391.42 2037.88 3330.05 4043.83 5766.20 2591.69 3603.95 14431.89 8320.70
   C 1195.89  241.24  252.46  865.97 1970.28  899.22  346.36  1135.86 1179.31
   D  502.64  171.41  434.29  508.22  419.34  260.13  298.14   326.70  167.07
   E  181.63  171.41  165.30  150.47  164.09  109.19  122.76   212.74  155.60",
   header=TRUE)

tab <- as.matrix(tab0[,-1])

P <- colnames(tab) %in% c("E12", "E25", "E26", "E27", "E44")
D <- colnames(tab) %in% c("E15", "E22", "E38", "E47")

pv <- apply(tab, 1, function(x) wilcox.test(x[P], x[D])$p.value)

data.frame(tab0[1], p.val=signif(pv, 4))

#   mol  p.val
# 1   A 0.5556
# 2   B 0.4127
# 3   C 0.1111
# 4   D 0.1905
# 5   E 0.9048