每种可能组合中的 Wilcoxon 秩和检验答案

【问题标题】：Wilcoxon Rank Sum test in every possible combinations每种可能组合中的 Wilcoxon 秩和检验
【发布时间】：2017-04-27 10:11:32
【问题描述】：

我有 5 个值群体，我想在每个可能的组合中运行 Wilcoxon 秩和检验。

运行测试后，我想将 p 值存储在矩阵中。我是还附加了数据集。

Population1 Population2 Population3 Population4 Population5
3.09    3.51349697  3.164190018 3.518407469 3.620480389
2.575   3.635713772 3.856745405 3.795780041 3.47405986
4.045   4.345129949 3.723526111 4.033668309 3.799417462
4.05    4.228530049 3.782229842 3.90679146  3.781252404
2.36    3.656315008 3.590211196 3.204999548 3.333981072
3.265   4.190930929 3.712583274 3.927421494 3.597604196
3.86    4.34070563  3.860239538 4.047323965 3.765763075
3.715   3.932171123 3.575872952 3.360518373 3.362403803
3.155   3.743746825 3.87061761  3.722034198 3.716139828

我写了一个代码，但它只返回最后一列

    x=read.csv("Book1.csv")

    pvalue<-matrix(nrow=5, ncol=5)

    for(i in 1:length(x)){
      for(j in 1:length(x)){
      pvalue[i*j]<-wilcox.test(x[,i], x[,j], paired=TRUE)$p.value 
      colnames(pvalue) <- colnames(x)
      rownames(pvalue)<- colnames(x)
    }
   }

我想要这种格式的输出

提前感谢您的帮助。

【问题讨论】：

如何使用 kruskal.test() 实现 Kruskal - Wallis 检验，这是对两个以上组的 Wilcoxon 秩和检验的扩展？
您的p.value 计算代码存在于内部循环之外，因此它只运行一次。还要在 p.value 计算之前添加行 cat(i,j,"\n") 以通知用户正在处理哪些索引

标签： r

【解决方案1】：

您可以使用pairwise.wilcox.test，它将准确地返回您想要的矩阵，并进行多重比较校正。

library('MASS')
X <- mvrnorm(100,1:5, diag(5))
pairwise.wilcox.test(t(X), g = seq(1,5), p.adjust.method = 'BH')

g 是定义组的因素，因此在转置后，您的第一行是组 1 第二行组 2，依此类推。

【讨论】：

我将这段代码的想法用于我的数据，但它给了我“有 50 个或更多警告（使用 warnings() 查看前 50 个）”
请详细说明
stackoverflow.com/questions/60112609/…

【解决方案2】：

你快到了；只有两个小错误：你的第一个 } 太早了，length(x) 是整个矩阵的长度，即 45 而不是你想要的 5。

这应该可行：

    for(i in 1:length(colnames(x))){
           for(j in 1:length(colnames(x))){
              pvalue[i,j]<-wilcox.test(x[,i], x[,j], paired=TRUE)$p.value 
     colnames(pvalue) <- colnames(x)
     rownames(pvalue)<- colnames(x)} }

【讨论】：

我将这段代码的想法用于我的数据，但它给了我“有 50 个或更多警告（使用 warnings() 查看前 50 个）”
根据您在下方链接的评论和问题，警告发生的原因是由于您的数据，而不是由于代码。