Conda 认为包规范不兼容，即使它们不兼容答案

【问题标题】：Conda thinks package specifications are incompatible, even though they are notConda 认为包规范不兼容，即使它们不兼容
【发布时间】：2021-02-03 20:23:45
【问题描述】：

运行命令：

 conda create -y --name test -c bioconda glimmer=3.02 blast=2.9.0 trnascan-se=2.0.6 hhsuite

产生以下错误输出：

Found conflicts! Looking for incompatible packages.
This can take several minutes.  Press CTRL-C to abort.
failed                                                                                                                                                                                 

UnsatisfiableError: The following specifications were found to be incompatible with each other:

Output in format: Requested package -> Available versions

Package perl conflicts for:
blast=2.9.0 -> perl[version='>=5.26.2,<5.26.3.0a0']
hhsuite -> perl[version='>=5.26.2,<5.26.3.0a0']
trnascan-se=2.0.6 -> perl[version='>=5.26.2,<5.26.3.0a0']
blast=2.9.0 -> entrez-direct -> perl[version='5.22.0.*|>=5.26.0,<5.27.0a0|>=5.26.2,<5.27.0a0']

Package libcxx conflicts for:
blast=2.9.0 -> pcre[version='>=8.44,<9.0a0'] -> libcxx[version='>=10.0.0']
blast=2.9.0 -> libcxx[version='>=4.0.1|>=9.0.1']

Package libcxxabi conflicts for:
blast=2.9.0 -> libcxx[version='>=4.0.1'] -> libcxxabi==4.0.1[build='hebd6815_0|hcfea43d_1']
hhsuite -> libcxx[version='>=4.0.1'] -> libcxxabi==4.0.1[build='hebd6815_0|hcfea43d_1']

从输出中，包的依赖项似乎都没有相互冲突。如何创建这个环境？

【问题讨论】：

错误信息真的没有帮助（不是你的错）。解决问题的一种方法是从命令中删除一两个包，看看它是否解决了；这至少可以帮助您缩小问题的范围。我假设您需要精确的固定版本 glimmer、blast 和 trnascan-se，否则这些引脚可能会导致问题。

标签： anaconda conda miniconda

【解决方案1】：

Bioconda 通道规范

无法解决可能是由于具有不标准的通道规范。¹The official recommendation for Bioconda 是使用：

channels:
  - conda-forge
  - bioconda
  - defaults

strict priority。我可以使用以下 YAML²

毫无问题地解决

foo.yaml

name: foo
channels:
  - conda-forge
  - bioconda
  - defaults
dependencies:
  - glimmer=3.02 
  - blast=2.9.0 
  - trnascan-se=2.0.6 
  - hhsuite

然后

conda env create -n foo -f foo.yaml

但是，如果我不包含 conda-forge 频道，我会收到与 OP 类似的错误。

不是决定性的，但值得一试。

_{[1] 至于包冲突报告输出没有帮助：不幸的是，这个问题已经有一段时间了。}

_{[2] 考虑使用 YAML 代替 shell 单行代码，尤其是在科学环境中。它产生一个环境是如何指定的清单工件，然后可以进行版本控制。}

【讨论】：