knitr中python块的根目录？

Question

我希望这并不像感觉的那么简单。我有一个基本目录设置：

root --> Paper
     --> Code

对于我正在写的一篇论文。我想从 Paper 目录中的 knitr 文档调用 Code 目录中的 Python 脚本（类似于 this，但使用 Python 而不是 R）。所以它会是这样的：

Python 脚本 testit.py

## @knitr testit
import os
print os.getcwd()

knitr文件test.Rnw保存在Code目录下：

\documentclass{article}
\begin{document}

<<setup,echo=FALSE>>=
read_chunk("testit.py")
@

<<testit,engine='python'>>=
@

\end{document}

当我编译成PDF的时候，答案是对的：

## /Users/blah/foo/bar/Code

但是文件test-2.Rnw保存在Paper目录下：

\documentclass{article}
\begin{document}

<<setup,echo=FALSE>>=
opts_knit$set(root.dir="../Code/")
read_chunk("../Code/testit.py")
@

<<testit,engine='python'>>=
@

\end{document}

输出：

## /Users/blah/foo/bar/Paper

root.dir 在这里没有明显的效果，就像它对 R 块一样，我不知道还有什么可以尝试更改 Python 块的目录。这是一个问题，因为我希望python脚本对Code目录中的文件进行操作，但是它当然找不到它们。我可以在 python 脚本中硬编码目录更改，但这似乎很脆弱。我什至很乐意将根目录作为脚本的参数直接传递给 python 解释器，这可能吗（但我不这么认为，因为 knitr 使用 python -c ？）。关于如何处理这个问题的任何想法？我的 google-fu 在这里让我失望了……

Answer 1

对不起，我没有对R 以外的引擎的路径问题给予足够的重视。现在这个问题已经在 Github 上的development version 中修复了。