具有逻辑值的熔化矩阵[重复]答案

【问题标题】：melting matrices with logical values [duplicate]具有逻辑值的熔化矩阵[重复]
【发布时间】：2019-07-01 11:07:07
【问题描述】：

我有一个成对比较的矩阵，其中上三角和对角线设置为NA。

df <- data.frame(a=c(NA,1,2), b=c(NA,NA,3), c=c(NA,NA,NA))
row.names(df) <- names(df)

I want to transform the matrix to long format, for which the standard procedure is to use reshape2's melt，然后是na.omit，所以我想要的输出是：

Var1 Var2 Value
a     b   1
a     c   2
b     c   3

但是，df$c 全部为 NA，因此是合乎逻辑的，并且将被melt 用作非测量变量。因此，melt(df) 的输出不是我想要的。

library(reshape2)
melt(df)

如何防止melt使用df$c作为id变量？

【问题讨论】：

标签： r reshape2

【解决方案1】：

诀窍是将行名转换为列，然后再转换为长格式。在tidyverse 中这样做的一种方法是，

library(tidyverse)

df %>% 
  rownames_to_column() %>% 
  gather(var, val, -1) %>% 
  filter(!is.na(val))


#  rowname var val
#1       b   a   1
#2       c   a   2
#3       c   b   3

正如@Humpelstielzche 在 cmets 中提到的，gather 中有一个 na.rm 参数，因此我们可以省略最后的过滤，即

df %>% 
 rownames_to_column() %>% 
 gather(var, val, -1, na.rm = TRUE)

【讨论】：

你可以在集合中指定na.rm = T。

【解决方案2】：

虽然您已经有了其他答案，但如果调用了适当的函数，可以通过reshape2 和melt 来实现。在这种情况下，您不希望应用reshape2:::melt.data.frame，而是应用reshape2:::melt.matrix。所以，试试：

melt(as.matrix(df), na.rm=TRUE)
#  Var1 Var2 value
#2    b    a     1
#3    c    a     2
#6    c    b     3

如果您随后查看?reshape2:::melt.data.frame，您将看到以下声明：

此代码在概念上类似于“as.data.frame.table”

这意味着你也可以使用更复杂的：

na.omit(as.data.frame.table(as.matrix(df), responseName="value"))
#  Var1 Var2 value
#2    b    a     1
#3    c    a     2
#6    c    b     3

【讨论】：

【解决方案3】：

在base R中，我们可以使用row和col分别获取行名和列名，然后过滤NA的值。

df1 <- data.frame(col = colnames(df)[col(df)], row = rownames(df)[row(df)], 
                  value = unlist(df), row.names = NULL)

df1[!is.na(df1$value), ]

#  col row value
#2   a   b     1
#3   a   c     2
#6   b   c     3

【讨论】：