如何使用 R 计算 Tanimoto/Jacquard 分数作为距离矩阵

【问题标题】：How to use R to compute Tanimoto/Jacquard Score as distance matrix如何使用 R 计算 Tanimoto/Jacquard 分数作为距离矩阵
【发布时间】：2011-04-08 15:28:16
【问题描述】：

我想使用 Tanimoto/Jacquard Score 作为距离矩阵计算 R 中数组中行的距离矩阵。

有可能吗？如果是的话，你介意教我怎么做吗？

【问题讨论】：

标签： r matrix distance

【解决方案1】：

vegan 包有一个 vegdist 函数，可以计算 Jaccard 指数等。假设这就是你所追求的。它的使用非常简单。

library(vegan)
data(varespec)
vare.dist <- vegdist(varespec, method = "jaccard")

其他可用的方法是

method   Dissimilarity index, partial match to "manhattan", "euclidean",
 "canberra", "bray", "kulczynski", "jaccard", "gower", "altGower", "morisita",
 "horn", "mountford", "raup" , "binomial" or "chao"

【讨论】：

【解决方案2】：

我认为你在搜索“Jaccard”而不是“Jacquard”时会有更多的运气。

安装“sos”包 (install.packages("sos"))
使用这些字符串 (library(sos); findFn("tanimoto jaccard")) 搜索函数。
在结果中寻找合适的东西（在我看来，this 可能是您的最佳选择；install.packages("ade4"); library("ade4"); ?dist.binary）
如果您不知道如何使用它，请编辑您的问题，并提供一个可重复的小示例来说明您想要做什么。

【讨论】：