如何使用R中的外部函数计算距离矩阵

【问题标题】：How to calculate distance matrix using outer function in R如何使用R中的外部函数计算距离矩阵
【发布时间】：2021-03-07 13:17:01
【问题描述】：

我有一些二进制向量我想计算矩阵和向量之间的tanimoto 距离。使用dist 函数执行此操作的唯一方法是使其成为单个矩阵，这意味着结果是一个 3x3 矩阵。我想计算x 中每个向量与向量y 之间的距离。所以结果应该是一个 2x1 向量。任何人都可以建议这是如何完成的。请在下面查看我的代码。谢谢。


x=matrix(c(1,0,1,1,0,0),3,2)

y = c(0,1,1)

dist(cbind(x,y),method = "binary", upper = T, diag = T)

【问题讨论】：

标签： r matrix distance

【解决方案1】：

首先，函数 dist 的对象x 每行有一个向量，而不是每列。所以，你应该这样写代码：

dist(rbind(t(x),y),method = "binary", upper = T, diag = T)

为了回答你的问题，试试这个：

dist_y <- function(x) dist(rbind(x,y = c(0,1,1)),method = "binary", upper = T, diag = T)
apply(x,2,dist_y)

【讨论】：

这行得通。谢谢你。我没有补充说我希望这样做是因为 y 也是一个矩阵。有没有办法可以扩展到这种情况？
当然，只需使用相同的函数 dist_y（当然是替换 y），然后将其与 lapply 和 split 一起使用，如下所示： lapply(split(t (x),ncol(x)),dist_y)