在 Rmarkdown html 报告中嵌入一系列图表 [重复]答案

【问题标题】：Embedding a list of plotly figures in an Rmarkdown html report [duplicate]在 Rmarkdown html 报告中嵌入一系列图表 [重复]
【发布时间】：2017-06-25 21:14:33
【问题描述】：

我错过了这是一个非常简单的东西，所以希望应该是一个简单的修复。

我正在一个Rmarkdown 代码块中生成plotly 热图列表，然后想在下一步循环中将它们嵌入到报告中。

我正在尝试：

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title: "test"
output: html_document
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```{r setup, include=FALSE,echo=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo=FALSE,out.width='1000px',dpi=200,fig.keep="all")
options(width = 1000)
options(knitr.table.format = "html")

suppressPackageStartupMessages(library(dplyr))
suppressPackageStartupMessages(library(plotly))
suppressPackageStartupMessages(library(knitr))
```


```{r heatmaps, include=FALSE,echo=FALSE}
set.seed(1)
heatmaps.list <- vector(mode="list",3)
for (i in 1:3) heatmaps.list[[i]] <- plot_ly(z = matrix(rnorm(10000),100,100), type = "heatmap")
```

```{r plots, include=FALSE,echo=FALSE}
for (i in 1:3){
  heatmaps.list[[i]]
  cat("\n")
}
```

不幸的是，尽管热图是在 heatmaps Rmarkdown 代码块中生成的，但它并未嵌入热图。

如果我用base 试试这个情节似乎可行：

```{r heatmaps, include=FALSE,echo=FALSE}
set.seed(1)
hist.list <- vector(mode="list",3)
for (i in 1:3){
  hist.list[[i]] <- hist(rnorm(10000),plot=F)
}
```

```{r plot, warning=FALSE,message=FALSE,echo=FALSE}
for (i in 1:3){
  plot(hist.list[[i]])
  cat("\n")  
}
```

【问题讨论】：

标签： r knitr r-markdown plotly heatmap

【解决方案1】：

即使设置更简单，我也会遇到同样的错误

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output: html_document
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```{r setup}
suppressPackageStartupMessages(library(plotly))

# this works
plot_ly(z = matrix(rnorm(100), 10, 10), type = "heatmap")

# this does not
set.seed(1)
for (i in 1:3)
  plot_ly(z = matrix(rnorm(100), 10, 10), type = "heatmap")
```

您要保存绘图 ab 对象的事实不是问题，而是循环。 here 的答案是使用

htmltools::tagList(as_widget(plot1), as_widget(plot2))

相反。对于我的最小示例，这将是。

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output: html_document
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```{r setup}
suppressPackageStartupMessages(library(plotly))

# now it works
set.seed(1)
l <- htmltools::tagList()
for (i in 1:3) 
  l[[i]] = as_widget(plot_ly(z = matrix(rnorm(100), 10, 10), type = "heatmap") )
l
```

很遗憾，我没有代表来标记重复项。

【讨论】：