如何在 RMarkdown 表中嵌入绘图？

Question

我正在尝试在 RMarkdown 中生成报告模板。在这份报告中，我想在我正在使用的调查中问题的编号和文本旁边的单元格中绘制一个图。我生成了一些示例图，并在 MS Word 中制作了以下示例。是否可以将 R 生成的图放在 RMarkdown 的表格中？

如果是这样，代码会是什么样子？

编辑 (9/8/16)： 我现在包含 .Rmd 文件。问题是 html 文件无法编译并显示以下消息。

pandoc: Could not fetch Template1_files/figure-html/score_table-1.png
Template1_files/figure-html/score_table-1.png: openBinaryFile: does not exist (No such file or directory)
Error: pandoc document conversion failed with error 67
Execution halted

Template1 为文件名，score_table 为块标签。

有人愿意帮我诊断问题吗？

<meta charset="utf-8">
---
title: "Untitled"
author: "Xander"
date: "September 7, 2016"
output: html_document
    self_contained: false
---

```{r mychunk, fig.show = "hide", echo = FALSE, fig.height=3, fig.width=5}
library(knitr)
library(ggplot2)

# sample data
dat <- data.frame(text = sapply(1:10, FUN = function(x) { paste0(sample(x = LETTERS, size = 15), collapse = "") }))
score_set = replicate(n = 10, expr = {data.frame(other = c("other", "other", "other", "other"), score=sample(1:7,4,TRUE))},simplify = F)

#Plot Function
plotgen<-function(score_set,other,score){
  p <- ggplot(score_set, aes(factor(other), score))
  p + geom_violin(fill = "#99CCFF") + coord_flip() + scale_x_discrete(name=NULL) +
  scale_y_continuous(breaks = round(seq(1, 7, by = 1),1), limits = c(1,7), name=NULL) + theme(axis.text.y=element_blank(),axis.title.y=element_blank(),axis.ticks.y=element_blank(),
      panel.grid.major.y = element_line(colour = "black"),
      panel.grid.minor = element_blank(),
      panel.background = element_rect(fill = "white"),
      panel.border = element_rect(colour = "black", fill=NA, size=1)) +
geom_hline(yintercept=sample(1:7,1,TRUE), size = 1.5, colour = "#334466")
}

# generate plots
invisible(lapply(seq_along(score_set), FUN = function(x) {plotgen(score_set[[x]],other,score)}))

out <- cbind(row.names(dat), 
         as.character(dat$text), 
         sprintf("![](%s%s-%s.png)", opts_current$get("fig.path"), opts_current$get("label"), 1:nrow(dat)))
kable(out, col.names = c("ID", "Text", ""))
````

Answer 1

有

ggplot2

这现在是可能的：

library(ggplot2)

# Create a ggplot plot
plot_object <-
  ggplot(
    data = gtcars,
    aes(x = hp, y = trq,
        size = msrp)) +
  geom_point(color = "blue") +
  theme(legend.position = "none")

# Create a tibble that contains two
# cells (where one is a placeholder for
# an image), then, create a gt table;
# use the `text_transform()` function
# to insert the plot using by calling
# `ggplot_object()` within the user-
# defined function
tab_1 <-
  dplyr::tibble(
    text = "Here is a ggplot:",
    ggplot = NA
  ) %>%
  gt() %>%
  text_transform(
    locations = cells_body(columns = ggplot),
    fn = function(x) {
      plot_object %>%
        ggplot_image(height = px(200))
    }
  )

来源[21/01/2022]：https://gt.rstudio.com/reference/ggplot_image.html

Answer 2

您可以执行以下操作（对于基础图，不对于ggplot2 图 - 请参阅最底部的评论）：

```{r mychunk, fig.show = "hide", echo = FALSE, fig.height=3, fig.width=5}
library(knitr)
# sample data
dat <- data.frame(
  text = sapply(1:10, FUN = function(x) { paste0(sample(x = LETTERS, size = 15), collapse = "") }), 
  x1 = rnorm(10), 
  x2 = rnorm(10, mean = 3), 
  x3 = rnorm(10, mean = 5))

# generate plots
invisible(apply(dat[, 2:4], MARGIN = 1, FUN = boxplot))

out <- cbind(row.names(dat), 
             as.character(dat$text), 
             sprintf("![](%s%s-%s.png)", opts_current$get("fig.path"), opts_current$get("label"), 1:nrow(dat)))
kable(out, col.names = c("ID", "Text", "Boxplot"))
```

• apply(dat[, 2:4], MARGIN = 1, FUN = boxplot) 使用来自x1、x2 和x3 的数据生成箱线图。由于fig.show="hide"，这些数字已生成但未包含在文档中。
• sprintf("![](%s%s-%s.png)", opts_current$get("fig.path"), opts_current$get("label"), 1:nrow(dat)) 生成 markdown 语法以包含绘图。这类似于calling include_graphics，但优点是我们将降价作为字符向量。
• 最后，kable 生成表格。

或者，您可以手动生成表格，使用 Pandoc 的 pipe_table as shown here 提供更多灵活性。

上面代码的输出：

Gregor's answer here 显示如何将其应用于ggplot2 绘图：逐个元素打印apply 返回的list，即invisible(apply(...)) 变为invisible(lapply(apply(...), print))。