Snakemake：将命令行参数传递给脚本

Question

我正在使用一些带有snakemake 的python 脚本来自动化工作流程。这些脚本接受命令行参数，虽然我可以用snakemake.input[0]、snakemake.output[0] 等替换它们，但我不愿意这样做，因为我还希望能够在snakemake 之外使用它们。

解决这个问题的一种自然方法——我一直在做的——是将它们作为shell 而不是script 运行。但是，当我这样做时，依赖图被破坏了；我更新了我的脚本，DAG 认为不需要重新运行任何东西。

有没有办法将命令行参数传递给脚本但仍将它们作为脚本运行？

编辑：一个例子

我的python脚本

import argparse

parser = argparse.ArgumentParser()
parser.add_argument("-o", type=str)
args = parser.parse_args()

with open(args.o, "w") as file:
    file.write("My file output")

我的蛇文件

rule some_rule:
    output: "some_file_name.txt"
    shell: "python my_script.py -o {output}"

Answer 1

根据@troy-comi 的评论，我一直在做以下事情——虽然有点骇人听闻——但正是我想要的。我将脚本定义为snakemake 规则的输入，这实际上也有助于提高可读性。一个典型的规则（这不是一个完整的 MWE）可能看起来像

rule some_rule:
    input:
        files=expand("path_to_files/f", f=config["my_files"]),
        script="scripts/do_something.py"
    output: "path/to/my/output.txt"
    shell: "python {input.script} -i {input.files} -o {output}"

当我修改脚本时，它会触发重新运行；它是可读的；并且它不需要我在我的 python 脚本中插入snakemake.output[0]（使得它们很难在这个工作流程之外回收）。

Answer 2

你能做一些简单的 if 语句来从 snakemake 或命令行获取参数吗

那是

if snakemake in globals():
    get parameters from snakemake
else:
    get code some other way

Answer 3

听起来你需要在你的 python 脚本中使用argparse。这是一个示例，其中 python 脚本通过命令行接受参数：

• Python 脚本example.py

import argparse
parser = argparse.ArgumentParser()
parser.add_argument("-i", "--infile", help="Filepath")
parser.add_argument("-o", "--outfile", help="Filepath")
args = parser.parse_args()

infilepath = args.infile
outfilepath = args.outfile
# blah blah code

• 蛇文件

rule xx:
input: "in.txt"
output: "out.txt"
shell: "python example.py -i {input} -o {output}"

PS - 当我懒惰时，我只使用Fire 库而不是 argparse。 Fire 只需几行代码即可轻松地将函数/类公开给命令行。