在python中调用CCF函数

Question

我正在尝试用 python 调用 r 中使用的 ccf 函数。

from rpy2.robjects.packages import SignatureTranslatedAnonymousPackage

string = """
cc <- function(x,y) {
ccf(x,y)
}
"""

powerpack = SignatureTranslatedAnonymousPackage(string, "powerpack")

调用：

import rpy2.robjects as ro

x = [1,2,3,4,5,5]
y = [5,6,7,8,8,9]

x = ro.Vector(tuple(x))
y = ro.Vector(tuple(y))

print (powerpack.cc(x,y))

错误：

RRuntimeError: Error in x[, (1 + cs[i]):cs[i + 1]] <- xx : 
incorrect number of subscripts on matrix

任何有关如何纠正此问题的建议都会很棒。

Answer 1

试试这个：

from rpy2.robjects.packages import SignatureTranslatedAnonymousPackage
import rpy2.robjects as ro


string = """
cc <- function(x,y) {
xx <- unlist(x, recursive=FALSE)
yy <- unlist(y, recursive=FALSE)
ccf(xx, yy)
}
"""

powerpack = SignatureTranslatedAnonymousPackage(string, "powerpack")

x = [1,2,3,4,5,5]
y = [5,6,7,8,8,9]

x = ro.Vector(x)
y = ro.Vector(y)

print (powerpack.cc(x,y))

解释：

1. 首先，如果你执行ro.Vector(tuple(x))，你会得到一个不同的错误。

NotImplementedError: Conversion 'py2ri' not defined for objects of type ''

至少对于我的python版本（3.7.0）。所以这可能不是你想要的。

1. 如果将这两个变量从列表中制成向量，然后交给 R，它们实际上是列表的列表（每个元素都是它自己的 1 元素列表）。所以你需要unlist()才能申请ccf()。请注意，在这种情况下，您确实会收到您报告的错误。