rpy2 - 如何将数据帧作为 RData 文件保存到磁盘？答案

【问题标题】：rpy2 - how to save dataframe as RData file to disk?rpy2 - 如何将数据帧作为 RData 文件保存到磁盘？
【发布时间】：2017-09-29 00:52:04
【问题描述】：

我想知道如何将 pandas 数据帧保存到 .RData 文件，如何从 pandas 数据帧保存到 RData？我在这里完成了最后一步的所有内容：

import pandas as pd
import rpy2
from rpy2 import robjects
from rpy2.robjects import pandas2ri
pandas2ri.activate()

# load RData file
df = pandas2ri.ri2py(robjects.r['get'](robjects.r['load'](path_to_rdata_file)))

.... do some processing to df ...

# save df as RData file
r_df = pandas2ri.py2ri(df)
??????????

如何将 pandas 数据作为.RData 文件保存到磁盘？

【问题讨论】：

标签： python r rpy2

【解决方案1】：

我终于找到答案了，下面是你如何使用 pandas 数据框写入.RData 文件：

首先将数据帧转换为R数据帧：

r_data = pandas2ri.py2ri(df)

然后我们必须将数据框分配给“R工作区”中的一个变量：

robjects.r.assign("my_df", r_data)

最后，我们可以通过名称引用变量，以便调用save 命令：

robjects.r("save(my_df, file='{}')".format(filename))

如果您想读/写 RData 文件但在 python 中使用 pandas，这里有 2 个辅助函数：

# read .RData file as a pandas dataframe
def load_rdata_file(filename):
    r_data = robjects.r['get'](robjects.r['load'](filename))
    df = pandas2ri.ri2py(r_data)
    return df

# write pandas dataframe to an .RData file
def save_rdata_file(df, filename):
    r_data = pandas2ri.py2ri(df)
    robjects.r.assign("my_df", r_data)
    robjects.r("save(my_df, file='{}')".format(filename))
    os.chmod(filename, 0o777)

【讨论】：