在 Dockerfile 中为 R 添加 CRAN 镜像/PPA

Question

我正在编写一个 Dockerfile，并想知道如何正确添加一个带有 R 预编译 cran 包的 ppa。 我的以下代码给出了错误消息：

正在阅读包裹清单...
W：存储库“http://ppa.launchpad.net/marutter/c2d4u/ubuntucosmic Release”没有发布文件。
E: 无法获取http://ppa.launchpad.net/marutter/c2d4u/ubuntu/dists/cosmic/main/binary-amd64/Packages 404 Not Found
E: 部分索引文件下载失败。它们已被忽略，或使用旧的。

我不明白他为什么找不到，虽然我可以找到Release文件here。

我的基础镜像是postgres，你可以把它拉成

docker pull postgres

我在添加 PPA 后调用 RUN apt-get update 时遇到错误：

# Load base image
FROM postgres

RUN apt-get update && \
    apt-get install -y software-properties-common && \
    apt-get install -y apt-transport-https

RUN apt-get update
RUN apt-get install -y wget
# More stuff here
RUN apt-get install -y r-base r-base-dev 

# add cran mirror
RUN apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys E084DAB9
RUN echo "deb-src https://cran.rstudio.com/bin/linux/ubuntu xenial/" | tee -a /etc/apt/sources.list

# add PPA with pre-compiled cran packages
RUN add-apt-repository -y ppa:marutter/c2d4u 

# install some R packages
RUN apt-get update
RUN apt-get install -y r-cran-data.table
RUN apt-get install -y r-cran-tidyverse 

如果我不打电话给RUN apt-get update，他不会找到tidyverse（但会找到data.table）

Answer 1

根本问题是postgres 映像基于 Debain 稳定版，而您尝试添加适用于 Ubuntu 的映像。我看到了三种可能的方法：

• 尽可能使用 Debian stable via postgres 镜像，并从源代码安装缺少的 tidyverse 包。

• 通过postgres 映像使用 Debian stable 以及 R 3.5 的 CRAN 反向移植，并从源代码编译所有包

• 使用 Ubuntu 映像和 c2d4u（例如 https://hub.docker.com/r/rocker/r-apt/）并在其上添加 postgres。

Answer 2

我相信你的 Dockerfile 中有错字。

RUN echo "deb-src https://cran.rstudio.com/bin/linux/ubuntu xenial/" | tee -a /etc/apt/sources.list

应该是

RUN echo "deb-src https://cran.rstudio.com/bin/linux/ubuntu/xenial/" | tee -a /etc/apt/sources.list

这能解决您的问题吗？