安装非 CRAN 包需要 CRAN 镜像

Question

我正在尝试在基于 Linux 的计算集群上安装 the R-INLA project 的 INLA 软件包。该软件包不在 CRAN 上。根据他们的教程，使用就足够了

install.packages("INLA",repos=c(getOption("repos"),INLA="https://inla.r-inla-download.org/R/stable"), dep=TRUE)

用于安装，在我的本地机器上运行良好。但是，在计算集群上，运行此命令似乎需要一个 CRAN 镜像，我收到以下错误：

Error in contrib.url(repos, type) : 
  trying to use CRAN without setting a mirror
Calls: install.packages -> startsWith -> contrib.url
Execution halted

作为替代方案，我尝试使用 devtools 直接从相应的 GitHub 存储库安装包。出于某种原因，这给了我明显不正确的版本号INLA_99.99.9999。这禁止我通过INLA:::inla.binary.install() 手动添加必要的二进制文件，因为找不到版本号。任何帮助表示赞赏！

Answer 1

您依赖于（R 全局）options() 在集群上具有有效的 repos 条目。

如果没有基本 R Core 的感觉，无论对错，你都不能作为基本 R 发布（源代码来源），他们无法播放收藏夹并设置一个。我们中的一些人认为这是错误的（因为它降低了用户体验——就像你在这里一样）所以在 Debian（以及因此 Ubuntu）包中，我将它设置为每个人都接近的“云”镜像，就像它在 @987654321 上一样@：

edd@rob:~$ tail -6 /usr/lib/R/etc/Rprofile.site 
## We set the cloud mirror, which is 'network-close' to everybody, as default
local({
    r <- getOption("repos")
    r["CRAN"] <- "https://cloud.r-project.org"
    options(repos = r)
})
edd@rob:~$ 

我建议你也这样做，也许在集群上的~/.Rprofile。