biopython 安装：错误：命令“gcc”失败，退出状态为 1答案

【问题标题】：biopython installation: error: command 'gcc' failed with exit status 1biopython 安装：错误：命令“gcc”失败，退出状态为 1
【发布时间】：2014-09-17 14:17:44
【问题描述】：

我正在尝试在我的 Macbook pro OSX 10.9.4 上从源代码安装 python 包 biopython，

我在终端中运行python setup.py build 并收到这个

running build
running build_py
running build_ext
building 'Bio.cpairwise2' extension
Compiling with an SDK that doesn't seem to exist: /Developer/SDKs/MacOSX10.6.sdk
Please check your Xcode installation
gcc -DNDEBUG -g -O3 -arch x86_64 -isysroot /Developer/SDKs/MacOSX10.6.sdk -Qunused-arguments -Qunused-arguments -I/Applications/Canopy.app/appdata/canopy-1.4.1.1975.macosx-x86_64/Canopy.app/Contents/include/python2.7 -c Bio/cpairwise2module.c -o build/temp.macosx-10.6-x86_64-2.7/Bio/cpairwise2module.o
clang: warning: no such sysroot directory: '/Developer/SDKs/MacOSX10.6.sdk'
In file included from Bio/cpairwise2module.c:12:
/Applications/Canopy.app/appdata/canopy-1.4.1.1975.macosx-    x86_64/Canopy.app/Contents/include/python2.7/Python.h:33:10: fatal error: 
  'stdio.h' file not found
#include <stdio.h>
     ^
1 error generated.
error: command 'gcc' failed with exit status 1

我检查了 Xcode 是否应该正确安装和工作

【问题讨论】：

Compiling with an SDK that doesn't seem to exist: /Developer/SDKs/MacOSX10.6.sdk的可能重复
我不这么认为，因为该线程与 python 3 安装有关。而这个问题可能与使用的 python 的树冠安装有关。
很可能是树冠错误。您是否尝试过准系统方法？尝试通过 Homebrew 安装 python/pip。

标签： python xcode macos biopython

【解决方案1】：

您应该使用pip。试试：

pip install biopython

【讨论】：

【解决方案2】：

卸载了 Canopy，一切都像魅力一样运行......

【讨论】：

【解决方案3】：

尝试从 Canopy “Package Manager” > “Available Packages” > “Canopy Packages”安装 Biopython 版本。

这样，我似乎在安装 Pyensembl 时解决了类似的问题，也安装了 Biopython。

【讨论】：