使用 rpy2 从矩阵创建命名列表答案

【问题标题】：Create named list from matrix using rpy2使用 rpy2 从矩阵创建命名列表
【发布时间】：2024-06-10 12:35:02
【问题描述】：

我有一个2D numpy 数组，我将其转换为R matrix，现在我需要将其进一步转换为named list：

rpy2.robjects.numpy2ri.activate()
nr,nc = counts.shape
r_mtx = robjects.r.matrix(counts, nrow=nr, ncol=nc)

所以，我得到了矩阵r_mtx，但我不确定如何从中创建一个命名列表，类似于我们在R 中的操作：

 named_list <- list(counts=mtx)

我需要将它输入SingleCellExperiment 对象以进行数据集标准化：

我尝试同时使用rpy2.rlike.container TaggedList 和 OrdDict 但不知道如何将它们应用于我的案例。

【问题讨论】：

【解决方案1】：

最终我解决了它（避免将numpy 数组转换为r 矩阵），直接从numpy 数组中生成命名列表：

named_list = robjects.r.list(counts=counts)

其中counts 是2D numpy 数组

【讨论】：