rpy2 base.with 函数的语法

Question

我正在尝试找出 rpy2 来绘制一些图表。我希望能够使用作为 R 基础的一部分的 with 函数，就像它在以下 R 代码中使用它一样：

with(res, plot(log2FoldChange, -log10(pvalue), pch=20, main="Volcano plot", xlim=c(-2.5,2)))
with(subset(res, padj<.05 ), points(log2FoldChange, -log10(pvalue), pch=20, col="red"))

其中 res 是一个数据框，而 log2FoldChange 和 pvalue 是该数据框的列。

当我使用 rpy2 的 importr 导入基础包时，我可以通过执行以下操作看到“with”在对象中：

from rpy2.robjects.packages import importr
base = importr('base')
dir(base)

但是，我似乎无法弄清楚正确的语法：

from rpy2.robjects.packages import importr
from rpy2 import robjects
base = importr('base')
base.with(res, robjects.r.plot(log2FoldChange, padj))

  File "<stdin>", line 1
    base.with(res, robjects.r.plot(log2FoldChange, padj))
            ^
SyntaxError: invalid syntax

不幸的是，搜索“base.with”之类的内容已被证明是棘手的。我的问题：在 rpy2 python 代码中使用 'base.with' 的语法是什么？

另外，虽然使用 'with' 是执行此操作的最前向 R 方法，但对于我不知道的同一问题，也许有一种对 rpy2 更友好的方法。

Answer 1

Python 可能与它自己的 with() 命令发生冲突，该命令后面需要一个空格。这是与另一种语言交互的挑战。

尝试以围绕robjects 函数的R 语法本地运行命令。下面我将 Python 对象传递到 R 的全局环境范围内。

import rpy2.robjects as ro

ro.globalenv['res'] = res_frompy
ro.globalenv['log2FoldChang'] = log2FoldChang_frompy
ro.globalenv['padj'] = padj_frompy

ro.r('with(res, plot(log2FoldChange, padj))')