Windows批处理R Sweave错误加载包答案

【问题标题】：Windows batch R Sweave error loading packagesWindows批处理R Sweave错误加载包
【发布时间】：2010-08-24 16:18:28
【问题描述】：

我找不到关于如何在 Windows XP 上为 Sweave 文档设置批处理文件的清晰文档。

我正在使用here找到的批处理文件

我创建了一个批处理文件名run.bat，其中包含以下内容：

Sweave myFile.Rnw

设置 wd 后，我在 Sweave 文件中做的第一件事是使用 RODBC 包读取数据集：

library(RODBC)
fetch <- odbcConnect("myDatabase")
myData <- "select * from myTable"
x <- sqlQuery(fetch, myData)
odbcCloseAll()

当我运行批处理文件时，我收到以下错误：

Error: chunk 2
Error in library(RODBC) : there is no package called RODBC
In addition: Warning message:
In library(package, lib.loc = lib.loc, character.only = TRUE, logical.return = TRUE, :
    there is no package called 'xtable'

很明显，这些包确实存在并且可以正常工作，但是权限中有问题，或者找不到正确的目录。有什么想法吗？

相关问题here

【问题讨论】：

标签： windows r batch-file sweave

【解决方案1】：

当您在 R 中（在 GUI 中）键入它时会返回什么？

 .libPaths()

在 Rnw 文件中运行时会显示什么？

help(Startup) 中的文档将对您可以在何处设置 R_LIBS 及其变体提供一些建议。

【讨论】：

.libPaths() 在使用 Eclipse 从 GUI 运行时返回 "C:/Program Files/R/R-2.11.0/library"。当直接从 R GUI 控制台运行时，它返回"C:/PROGRA~1/R/R-211~1.0/library"。立即查看Startup 的帮助页面...
那将是相同的，尽管打印方式不同。你真的安装了 RODBC 包吗？
嗯，是的，也不是。 RODBC 安装在我与 Eclipse 一起使用或直接与 R GUI 一起使用的 R 版本中。我可以毫无问题地运行脚本。但是，我注意到 DOS 提示指的是我安装的 R 的 Revolution Enterprise 迭代。我卸载了 Revolution Enterprise，因为我不使用它，现在收到错误 Error: R not found。我已经修改了 R 的默认目录，因此我可以保存 R 的单独实例（'R\R-2.11` 和 R\R-2.10..）。我需要修改 Sweave.bat 文件以找到我的 R 目录...现在将查看
相应地调整你的环境变量，比如PATH，你应该没问题。这是您的本地管理员问题，因此您需要解决它。
@Chase 在 Windows 更新后我得到了同样的 R not found 错误，尽管我大概有正确的 PATH 指向 R - aaargh！我妈妈警告我不要更新。

【解决方案2】：

我找到了一个可以立即解决我的问题的方法，尽管我知道这种方法存在一定的局限性。我放弃使用 CRAN 提供的 .bat 文件来动态查找 R 的适当路径，并将 R 的路径硬编码为：

"C:\Program Files\R\R-2.11.0\bin\Rterm.exe" --vanilla <%run.r>%run.r
 del *.log
 del *.aux

这个.bat 文件将启动R，运行包含两个命令的脚本run.r：

Sweave("myFile.Rnw")
tools::texi2dvi("myFile.tex", pdf=TRUE)

然后从 LaTeX 输出中清除中间的 .log 和 .aux 文件。显然，大部分工作都是在myFile.Rnw 中完成的，但这至少可以让我单击一个按钮，执行我的分析并生成 PDF 文件。

如果有人能想出一种方法来提高效率，我将不胜感激。

【讨论】：