Rmarkdown 找不到库路径答案

【问题标题】：Rmarkdown does not find library pathRmarkdown 找不到库路径
【发布时间】：2017-12-26 23:44:14
【问题描述】：

使用 macOS 10.12，我正在尝试从终端编织一个 Rmd 文件。我刚刚从自制软件安装了 R，但是当我尝试以下操作时：

$ Rscript -e "rmarkdown::render('test.Rmd')"

出现错误：

Error in loadNamespace(name) : there is no package called ‘rmarkdown’
Calls: :: ... tryCatch -> tryCatchList -> tryCatchOne -> <Anonymous>
Execution halted

我假设，基于这个related question，需要导出库。

所以我在 R Studio 中尝试了：

> .libPaths()
[1] "/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.3/Resources/library"

然后在终端：

$ export R_LIB= usr/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.3/Resources/library

但这会引发错误：

-bash: export: `usr/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.3/Resources/library': not a valid identifier

任何关于如何从这里开始的建议将不胜感激！

【问题讨论】：

导出中缺少前导斜杠。
/usr/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.3/Resources/library 不会抛出同样的错误
与.libPaths()的返回值不匹配
$ export R_LIB=/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.3/Resources/library 运行，但再次抛出相同的错误。有任何想法吗？ Rmarkdown 在库中
同样的错误？如果路径正确，您将不会收到“不是有效标识符”消息

标签： r bash r-markdown

【解决方案1】：

在 bash 中分配时，= 符号周围不能有空格。这就是“不是有效标识符”错误的原因。

export R_LIB=usr/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.3/Resources/library

这将解决您的 Bash 问题，但我不确定您要在 R 中完成什么。我发现您不太可能拥有 usr/Library 目录。您可以设置 an environment variable 称为 R_LIBS_USER 告诉 R 在哪里查找用户特定的库，以及 R_LIBS：

库搜索路径在启动时从环境变量R_LIBS（它应该是一个以冒号分隔的目录列表，R 库树的根目录）然后是环境变量R_LIBS_USER 中的目录进行初始化。仅包含当时存在的目录。

默认情况下，R_LIBS 未设置，R_LIBS_USER 设置为主目录的目录“R/R.version$platform-library/x.y”（或者对于 CRAN macOS 版本为“Library/R/x.y/library”），对于 R x.y.z.

我怀疑您可能正在寻找：

export R_LIBS=/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.3/Resources/library

或者，如果是用户特定的：

export R_LIBS=$HOME/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.3/Resources/library

【讨论】：