RMarkdown：“错误：找不到 html_dependency 的路径：”

Question

我是一名化学家，使用 R 和 R Studio 分析质谱数据。我有处理我的数据的自动化脚本，因为有很多文件。脚本使用render() 调用 rmarkdown 来导入数据、操作数据框、将处理后的数据框保存为 .csv 并生成 html 绘图。自从我最近更新到 R v3.5.1 和 R Studio v1.1.463 后，我在渲染 rmarkdown 文件时遇到了问题。我收到的错误是：Error: path for html_dependency not found:，如果我在 R Studio 中使用knit 按钮，或者如果我使用render()，我会得到。 rmarkdown 中的脚本运行完成，因为生成的对象存在于 R Studio 的环境窗口中，但 html 文件没有呈现，并且我收到停止 render() 循环的错误，我用来处理所有特定文件夹中的文件。这是我在更新之前做过很多次的过程。

我跑了traceback()，得到了以下结果：

8: stop("path for html_dependency not found: ", file, call. = FALSE)
7: FUN(X[[i]], ...)
6: lapply(dependencies, validate_html_dependency)
5: dependency_resolver(all_dependencies)
4: html_extras_for_document(knit_meta, runtime, dependency_resolver, 
       format_deps)
3: base(...)
2: output_format$pre_processor(yaml_front_matter, utf8_input, runtime, 
       knit_meta, files_dir, output_dir)
1: render("Processing and QA Template_INT_FINAL_MFAssignR.rmd", 
       output_file = paste0(substr(file_list[i], 1, nchar(file_list[i]) - 
           4), ".html"), output_dir = folder, params = list(data = file_list[i], path = folder))

我已经多次卸载并重新安装了软件包。我什至完全删除了我的库文件夹一次，然后重新安装。我的软件包是最新的，但自更新以来我在安装软件包时遇到了问题，包括 rmarkdown。我必须使用install.packages(“package”, type=”binary”) 安装 rmarkdown 的依赖项才能安装它。通常我可以在 R Studio 中使用Install 按钮。

这是我没有管理员访问权限的工作电脑（Windows 10，64 位）。我必须在我的大学通过 IT 卸载/安装，这很麻烦，所以我想给他们一个计划。我的包库默认为我可以读/写的网络驱动器，并且我对硬盘的访问权限有限；无论哪种方式，我似乎都无法更改 R Studio 中软件包的安装位置。我不知道我是否可以重新安装旧版本的 R 和 R Studio，或者是否有帮助。我使用的许多软件包都是为当前版本的 R 开发的，而且我遇到了一些其他问题，这就是我首先更新的原因。完全相同的脚本和数据文件在另一台 PC 上正常运行（我的个人笔记本电脑，在 R、R Studio 和软件包上也是最新的）；我所做的唯一更改是对工作目录的更改，以便正确加载数据。我安装软件包也没有问题。

这是我的代码示例；由于我的脚本非常长、复杂且数据特定，因此我准备了一个更简化的版本作为示例。我真的不认为脚本本身有什么问题，正如我之前提到的，我在更新之前已经运行了很多次。我怀疑 R、R studio 或 rmarkdown 的安装有问题。

主脚本，从 rmarkdown 调用 render()：

setwd("D:/Working Directory")
library("rmarkdown")
folder=paste0(getwd(),"/")
file_list=list.files(path=folder, pattern="*_MF.csv")
for (i in 1:length(file_list)){
      render("Processing and QA Template.rmd",
             output_file = paste0(substr(file_list[i],1, nchar(file_list[i])-4),".html"), output_dir = folder,
             params=list(data=file_list[i], path=folder))
}

rmarkdown，名为“Processing and QA Template.rmd”，位于“D:/Working Directory”中：

---
title: "Example Processing and QA"
author: "Matt Brege "
date: "2018-12-12"
output: html_document
params: 
  data: x
  path: x
---
```{r, echo=FALSE, message=FALSE}
library(dplyr)
library(ggplot2)
library(tidyr)

file_name <- substr(params$data, 1, nchar(params$data)-7)
folder <- params$path
input <- tbl_df(read.csv(paste0(file_name, "_MF.csv"), stringsAsFactors = FALSE)) 
```
```{r, echo=FALSE}
#...a series of long and complicated data manipulations later…
write.csv(input7, paste0("Output/", file_name, "_QAd.csv"), row.names=FALSE, na="")
```
```{r,r, echo=FALSE, warning=FALSE, message=FALSE}
#...plotting section…
# these are just examples
p1 <-ggplot(diamonds, aes(x=carat, y=price)) + geom_point()
print(p1)
p2<- ggplot(diamonds, aes(x=carat, y=price, color=clarity)) + geom_point()
print(p2)
p3<- ggplot(diamonds, aes(x=carat, y=price, color=cut)) + geom_point()
print(p3)
```

最后，我发现了以下关于似乎是同一个问题的类似帖子，但它们是旧的并且来自不同版本的 R，而且在这些情况下似乎并没有得到解决：

RMarkdown cannot knit: html_dependency not found

RNotebook cannot output due to html_dependency not found

R looks in the wrong place for html dependency

最后一个链接的一个建议是清除缓存：“如果您缓存了包含 HTML 小部件的块，您可能需要在更新 R 包后使缓存无效。 – Yihui Xie 2017 年 12 月 6 日 19:00” 但我不确定这意味着什么或如何去做。我一般在每个脚本的开头运行cat("\014")和rm(list=ls())，但我不知道是不是这个建议的意思，它没有帮助。

Answer 1

我让它工作了：

1. 清除 Knitr Cashe...（请参见 RStudio 中 Knit 图标旁边的小箭头）。
2. 我还必须重新启动 R (.rs.restartR())。