在所有可能的组合之间进行成对比较答案

【问题标题】：do pairwise comparisons between all possible combinations在所有可能的组合之间进行成对比较
【发布时间】：2023-04-03 06:22:02
【问题描述】：

我有一个矩阵，我想在所有可能的组合（唯一）之间进行成对比较：

data.frame

        A      B     C     D
 a      2      0     2     50
 b      1      3     1     2
 c      4      6     7     50
 d      1      3     8     2
...   ...     ...   ...   ...


library(utils)
combined <- combn(samples,2,simplify = FALSE)

combined
[[1]]
[1] "A" "B"

[[2]]
[1] "A" "C"
...

par(mfrow=c(2,2))
for(i in 1:length(combined)){
  cor <- sprintf(cor(dat$combined[[i]][1],dat$combined[[i]] [2]),fmt='%#.2g',method="spearman")
  smoothScatter (
        dat$combined[[i]][1],
        dat$combined[[i]][2],
        main=paste0("Spearman= ",cor),
      )
 }
dev.off()

但我收到以下错误：

Error in cor(dat$combined[[i]][1], dat$combined[[i]][2]) : 
  supply both 'x' and 'y' or a matrix-like 'x'

【问题讨论】：

您说matrix，但您尝试访问行和列，就好像它是一个数据框一样。 xm = matrix(1:4, 2); xdf = as.data.frame(xm); 看看xm[[1]] 和xdf[[1]] 的区别。
我建议将 i 设置为 1 并尝试在循环中运行越来越小的代码，直到找到问题 - 与您期望的不同。例如，dat$combined[[i]][1] 使它看起来像 dat 是一个数据框，其中有一个名为 combined 的列，它恰好是一列列表（因为否则你为什么要使用 [[ 来访问列），您需要第一个列表的第一个元素。这听起来不像你展示的dat。
好的，那么你需要dat[[combined[[i]][1]]]，因为$ 不能用于存储在变量中的字符串列名。
@Gregor 非常感谢。它有效:)

标签： r

【解决方案1】：

我刚刚做了几乎完全相同的事情，除了余弦相似度或相关性：

set.seed(255)
mydata<-data.frame(matrix(rnorm(400), nrow = 20))
## 20x20 matrix

choices<-choose(20,2) #20 choose 2 possible pairs
combs<-combn(20,2) # create those pairs

COR<-NULL
A<-NULL
B<-NULL

  for(i in 1:choices) {
    nums<-combs[,i]
    COR[i]<-cor(mydata[,nums[1]], mydata[,nums[2]])
    A[i]<-nums[1]
    B[i]<-nums[2]
  }

COR.data<-data.frame(A,B,COR) #create a data.frame with the results
head(COR.data, 5)

A B       COR
1 2  0.246464
1 3  0.209621
1 4 -0.273593
1 5  0.380731
1 6  0.008158

在生成的data.frame 列中，A 和 B 列是比较的 mydata 对象的列。

【讨论】：