当函数参数每次都不同时，如何循环多个文件？

Question

我正在尝试从一系列 .nc 文件中提取海面温度数据。 所以我有一个文件夹，其中包含 30 个下载的 .nc 文件，所有文件都写成“1981.nc”、“1982.nc”等。

但不是单独加载它们，我想循环遍历每个文件并计算每个文件的平均温度，所以最后我会有 30 个温度值。

问题是每个文件的日期参数必须更改年份。我想在提取年份值的文件中包含years<-substr(filenames, 1,4) 之类的内容，但它不起作用。

我正在考虑以下几点：

library(ncdf4)

setwd("C:\\Users\\Desktop\\sst")
source("C:\\Users\\Desktop\\NOAA_OISST_ncdf4.R")

out.file<-""
filenames <- dir(pattern =".nc")
years<-substr(filenames, 1,4)
lst <- vector("list", length(filenames ))
for (i in 1:length(filenames)) {
  ssts = extractOISSTdaily(filenames[i], "C:\\Users\\Desktop\\lsmask.oisst.v2.nc",
                           lonW=350,lonE=351,latS=52,latN=56,date1='years[i]-11-23', date2='years[i]-12-31')
  mean(ssts)
}

这里描述了用于提取的extractOISSTdaily函数：http://lukemiller.org/index.php/2014/11/extracting-noaa-sea-surface-temperatures-with-ncdf4/

.nc 文件在这里：https://www.esrl.noaa.gov/psd/data/gridded/data.noaa.oisst.v2.highres.html#detail

Answer 1

这行得通吗？

# Get filenames
filenames <- dir(pattern =".nc")

# Mean SSTs
m.ssts <- NULL

# Loop through filenames
for (i in filenames) {
  # Get year (assuming form of filename is, e.g., 1981.nc)
  year <- sub(".nc", "", i)

  # Do whatever this function does
  ssts <- extractOISSTdaily(i, "C:\\Users\\Desktop\\lsmask.oisst.v2.nc",
                           lonW=350, lonE=351, latS=52, latN=56,
                           date1=paste(year, "-11-23", sep = ""), 
                           date2=paste(year, "-12-31", sep = ""))
  # Profit!
  m.ssts <- c(m.ssts, mean(ssts))
}

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代码的工作原理是首先收集当前目录中扩展名为.nc 的所有文件名，然后创建一个空对象来存储平均 SST。 for 循环依次遍历文件名，通过用空字符串代替 .nc 来去除文件扩展名以获得年份（即，1981.nc 变为 1981）。接下来，将指定区间的 netCDF 数据放入ssts。间隔是通过将当前年份与所需的月份和日期粘贴在一起来创建的。最后，计算平均值并将其附加到m.ssts 对象。正如 OP 在下面所说，这实际上应该读取 m.ssts <- c(m.ssts, mean(ssts, na.rm = TRUE)) 以允许数据中包含 NA。