如何在ggplot中使用带有密度图的stat_peaks

Question

我有一个看起来像这样的图表，并想在上面绘制峰值：

这是我当前的代码：

  ggplot(df,aes(x=xval,fill=sample)) + 
  geom_density(alpha=.5)+
  xlim(c(median(xval)-0.001,median(xval)+0.001))+
  labs(title=paste0("Title ",datetoday),x="intensity",fill="concentration")+
  ggsave((paste0("file ",datetoday,".png")))

每当我尝试将 stat_peaks 添加到我的图表时，它都会给我错误“错误：stat_peaks 需要以下缺失的美学：y” - 但我不确定如何将 y 值设置为密度。

TIA

Answer 1

这个问题之前是answered。

您可以通过三个步骤完成此操作：

1. 绘制密度图
2. 使用ggplot_build 生成绘图的“构建”对象
3. 从“构建”对象中提取峰值并绘制它们

library(ggplot2)
library(ggpmisc)

p <- ggplot(df,aes(x=xval,fill=sample)) + 
  geom_density(alpha=.5)+
  xlim(c(median(xval)-0.001,median(xval)+0.001))+
  labs(title=paste0("Title ",datetoday),x="intensity",fill="concentration")

pb <- ggplot_build(p)
p + stat_peaks(
  data = pb[['data']][[1]], # take a look at this object
  aes(x = x, y = density),
  colour = "red",
  size = 3
)
ggsave((paste0("file ",datetoday,".png")))