【问题标题】:rpy2 error when returning from a function - RNULLType not iterable从函数返回时出现 rpy2 错误 - RNULLType 不可迭代
【发布时间】:2018-11-29 14:00:06
【问题描述】:

我喜欢 rpy2,但在运行 Rand Wilcox 强大的统计数据包中的函数时遇到了障碍。

由于某种原因,当我运行该函数时,出现以下错误:

TypeError: 'rpy2.rinterface.RNULLType' object is not iterable

我相当确定我正确使用了该函数,因为它只需要一些整数和一个数据框(或列表列表或数组)作为参数。

这是一个可重现的例子:

import pandas as pd
import rpy2.robjects as robjects
import random
import numpy as np
from rpy2.robjects import pandas2ri
from urllib.request import urlopen  
from rpy2.robjects.packages import SignatureTranslatedAnonymousPackage
pandas2ri.activate()

url = urlopen('https://dornsife.usc.edu/assets/sites/239/docs/Rallfun-v35.txt')
string = b''.join(url.readlines()).decode()
wilcox = SignatureTranslatedAnonymousPackage(string, "wilcox")

data=[list(np.random.normal(0, 1, 50))]*6
wilcox.bbmcppb(2,3,data)

如您所见,返回了一些空值,并且似乎还有一些其他数据。 TypeError: 'rpy2.rinterface.RNULLType' 对象不可迭代

R object with classes: ('list',) mapped to:
<ListVector - Python:0x7f0e889dba08 / R:0x9a7bec8>
[ListVector, Matrix, Matrix, Matrix]
R object with classes: ('list',) mapped to:
<ListVector - Python:0x7f0e889dba08 / R:0x9a7bec8>
[ListVector, Matrix, Matrix, Matrix]
  Fac.A: <class 'rpy2.robjects.vectors.Matrix'>
  R object with classes: ('matrix',) mapped to:
<Matrix - Python:0x7f0e889da948 / R:0xaf6ec80>
[1.000000, NA_real_, NA_real_, 0.050000, NA_real_, NA_real_

.
.
.

奇怪的是,如果我将它分配给输出变量,它不会崩溃,直到我检查它:

不会崩溃

output=wilcox.bbmcppb(2,3,data)

崩溃(出现上述错误)

output=wilcox.bbmcppb(2,3,data)
output

有什么想法吗?

【问题讨论】:

    标签: python r rpy2


    【解决方案1】:

    我遇到了类似的问题。输出存储在变量result 中,它显示 TypeError: 'rpy2.rinterface.RNULLType'。但我需要的输出在result[0] 中,我通过result[0].to_csvfile('result.csv') 导出到一个csv 文件。result[1] 引发了异常。

    如果你想解决问题,你可以试试。关于这个问题的一些讨论可以在https://bitbucket.org/rpy2/rpy2/issues/388/sequence_to_vector-does-not-accept-empty 上找到

    【讨论】:

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