我一直在 PRIMER 中学习多变量分析，但现在想使用 vegan 包转换为 R。我希望在vegan 中使用capscale() 函数，但不确定我的数据应该如何预先格式化。
在小插图http://cc.oulu.fi/~jarioksa/softhelp/vegan/html/capscale.html 的示例中，dataframes（varespec 和 varechem）都只有数值，但我有一个 dataframe 的依赖（数字）值和另一个独立（因子）值.所以我要求的是一个我可以效仿的替代工作示例。我在网上找不到任何东西。
iris 数据集应该提供足够的玩具数据。谢谢
【问题讨论】：
标签： r statistics vegan multivariate-testing
您使用的小插图源严重过时：我必须将其从网络上删除。 ?capscale 的帮助页面应该在您当前的 vegan 安装中包含更多最新的文档。对于带有因子的独立数据，您应该能够使用任何其他受约束的排序帮助模型 (?rda)，它告诉您使用 formula 接口，您可以在独立数据中包含因子 - 以及 formula interface 是capscale 中唯一允许的接口。
您应该在 vegan 中从 capscale 切换到 dbrda：capscale 将来可能会被弃用。
【讨论】：
iris 数据集输入公式？我正在尝试capscale(iris[1:4]~iris$species,data=iris)之类的东西，非常感谢
capscale(iris[,1:4] ~ Species, data=iris) 似乎有效。注意，columns 的索引使用[, 1:4] 和Species 中的大写首字母。
capscale(iris[,1:4] ~ Species, data=iris) Call: capscale(formula = iris[, 1:4] ~ Species, data = iris) Regularization parameters: NULL Prior probabilities of groups: NULL Misclassification rate: apparent: % Warning message: In is.na(x$error.rate[1]) : is.na() applied to non-(list or vector) of type 'NULL'
vegan::capscale()以外的其他东西：它只是没有“正则化参数”、“先验概率”等。你用的是什么软件？