在 Vegan 中使用 metaMDS() 没有稳定的解决方案 [关闭]答案

【问题标题】：No stable solution using metaMDS() in Vegan [closed]在 Vegan 中使用 metaMDS() 没有稳定的解决方案 [关闭]
【发布时间】：2013-01-21 08:24:34
【问题描述】：

我有一个物种丰度数据集，其中有很多零，即使我将trymax = 1000 设置为metaMDS()，程序也无法找到压力的稳定解决方案。我已经尝试过合并数据（将多年合并以减少零的数量），但我不能再这样做了。我只是想知道是否有人知道 - 选择 R 最后给我的东西（1000 个解决方案中的最低值）在科学上是否有效，还是我不应该使用 NMDS，因为它找不到稳定的位置？互联网上似乎很少有这方面的信息。

【问题讨论】：

我认为这不是一个编程问题。您应该在 crossvalidated.com 或 r-sig-eco 邮件列表上试试运气。
该死，我基本上是扔了一枚硬币，试图确定这是编程还是纯素食。我担心交叉验证会告诉我这是一个堆栈溢出问题。

标签： r vegan

【解决方案1】：

对此的一种解释是您尝试使用太少的维度进行映射。我想你使用的是默认的k = 2?如果是这样，请尝试 k = 3 并比较您从 k = 2 解决方案的 1000 次尝试中获得的最佳解决方案的压力。

我会有点担心从 1000 个解决方案中选择一个解决方案，因为它具有最好/最低的压力。

您还可以尝试再随机开始 1000 次，看看如果您运行更多迭代，它是否会收敛。当您保存来自metaMDS() 的输出时，您可以通过previous.best 参数将该对象提供给对metaMDS() 的另一个调用。然后它将进行trymax 进一步随机启动，但将任何较低应力的解决方案与之前的最佳解决方案进行比较，如果找到与之相似的解决方案，则收敛，而不必在 1000 次启动中找到两个相似的低应力解决方案。

【讨论】：

谢谢 Gavin，这些都是很好的建议。我会在今天晚些时候给他们一个机会。
嗨 Gavin，我只是想跟进一下 - 我的问题是没有共同物种的网站太多。我使用 noshare=0.1 并解决了问题。我不知道关闭的问题是否会被删除或继续存在，但我认为如果其他人看到这个问题可能会有所帮助。