当维度相同时解决'qr和y必须具有相同的行数'

Question

核心问题：可以对“'qr'和'y'必须有相同的行数”进行什么调试 我正在运行一个 RDA，我之前已经做过几十次了。这次唯一的不同是我使用的数据自然与以前不同。

经过验证的代码行：

rda_20<-rda(bio_data,abio_data) 

我收到错误代码

Error in qr.fitted(Q, Y): 'qr' and 'y' must have the same number of rows

我检查了源数据的维度：生物：9865,259；阿比奥：9865,6。运行类型检查，所有数据都是数字。

我能看到的唯一两个剩余的错误来源是：非生物数据中有许多NAs，但这对我来说从来都不是问题@ 987654324@ 的默认处理缺失数据。我还要注意，有些列的总和为 0（用于在多个数据集之间进行比较）。如果这可能导致问题，我可以通过colSums != 0 以某种方式子集以快速修剪这些列吗？如果没有，我还能在哪里查找此错误的来源？

更新：我已删除 colSums = 0。没有效果。 更新 2：删除 NA 无效

Answer 1

如果你不使用公式界面na.action不适用，并且你没有使用公式界面。

虽然我不推荐它，但您显示的代码的直接基于公式的替代方案是：

rda(bio_data ~ ., data = abio_data, na.action = na.exclude)

（但是，在测试中，即使这似乎也不排除所有 NA 如果它们存在于两个数据帧中。）

我不建议人们这样做，因为使用 . 是懒惰的，并且会通过受约束的排序来促进糟糕的统计实践。相反，应该在公式右侧明确指定模型中所需的术语。

如果您希望继续使用传递两个矩阵的默认接口，您需要在两个数据帧上使用complete.cases() 来获取指示哪些行没有丢失数据的向量。采用这些逻辑向量的并集得到没有缺失值的公共行集，并使用并集对两个数据框进行子集化以仅选择公共非缺失数据集：

set.seed(1)
df1 <- matrix(rpois(10*20, lambda = 5), ncol = 10)
df2 <- matrix(rlnorm(5*20), ncol = 5)
df1[sample(10*20, 5)] <- NA
df2[sample(5*20, 5)] <- NA
df1 <- as.data.frame(df1)
df2 <- as.data.frame(df2)

c1 <- complete.cases(df1)
c2 <- complete.cases(df2)
c12 <- c1 & c2

df1_sub <- df1[c12, ]
df2_sub <- df2[c12, ]

library('vegan')
ord <- rda(df1_sub, df2_sub)