收到消息无法加载共享对象 stats.so 当 R 启动时答案

【问题标题】：Got message unable to load shared object stats.so when R starts收到消息无法加载共享对象 stats.so 当 R 启动时
【发布时间】：2014-01-24 12:45:15
【问题描述】：

我在 Linux 64 上使用从源代码编译的 R-3.0.2，当 R 启动时我收到以下消息：

Error in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...) : 
  unable to load shared object '/home/hlfernandez/Eclipse/workspace/Bioscope/R/linux/x64/R-3.0.2/library/stats/libs/stats.so':
  libgfortran.so.3: cannot open the shared object file: No existe el archivo o el directorio
Durante la inicialización - Mensajes de aviso perdidos
package ‘stats’ in options("defaultPackages") was not found

有人知道问题的根源吗？它很少会说文件或目录不存在，因为它确实存在。

我的操作系统是 Kubuntu 13.10，也许我缺少任何库。

【问题讨论】：

看起来你应该找到 stats 包，下载它，然后在 R 中安装它。

标签： r load

【解决方案1】：

不知何故，您的系统配置或运行环境在您编译 R 和使用它之间发生了变化，特别是 libgfortran.so.3 库不再被发现。如果你这样做可能会

$ R CMD ldd /path/to/R_HOME/library/stats/libs/stats.so

您将获得成功发现的链接依赖项列表

linux-vdso.so.1 =>  (0x00007fff213ff000)
libRlapack.so => /path/to/R_HOME/lib/libRlapack.so (0x00007fcafa557000)

然后是失败

    libgfortran.so.3 => ???

表示未找到 libgfortran.so.3。你可以去找找

locate libgfortran.so.3

然后弄清楚你做了什么让 R 无法访问它（也许 ldconfig 会是你的朋友）。但 libgfortran 很可能位于标准位置，因此您可能已在其他操作中将其删除并需要重新安装它，或者针对 libgfortran 的新位置重新编译 R。

使用系统命令 ldconfig（需要 sudo 权限）或环境变量 LD_LIBRARY_PATH 指定 libgfortran 的位置。但实际上这些不是必需的，libgfortan 应该已经使用您的操作系统包管理器安装，并且不需要特殊的额外配置。

【讨论】：

如果 echo $R_HOME 没有从 bash 中找到它，R.home() 可能来自 R。

【解决方案2】：

编辑：我发现将缺少的库放在目录R/lib 可以解决问题，非常感谢您的帮助！

如果我运行ldd 命令，我会得到：

bin/R CMD ldd ./library/stats/libs/stats.so
/home/hlfernandez/Eclipse/workspace/Bioscope/R/linux/x64/R-3.0.2

linux-vdso.so.1 =>  (0x00007fff47dfe000)

libRlapack.so => /home/hlfernandez/Eclipse/workspace/Bioscope/R/linux/x64/R-3.0.2/lib/libRlapack.so (0x00007fb595bb0000)

libRblas.so => /home/hlfernandez/Eclipse/workspace/Bioscope/R/linux/x64/R-3.0.2/lib/libRblas.so (0x00007fb595983000)

libgfortran.so.3 => not found

libm.so.6 => /lib/x86_64-linux-gnu/libm.so.6 (0x00007fb595665000)

libR.so => /home/hlfernandez/Eclipse/workspace/Bioscope/R/linux/x64/R-3.0.2/lib/libR.so (0x00007fb5950c3000)

libgomp.so.1 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libgomp.so.1 (0x00007fb594eb4000)

libpthread.so.0 => /lib/x86_64-linux-gnu/libpthread.so.0 (0x00007fb594c97000)

libc.so.6 => /lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6 (0x00007fb5948ce000)

libgfortran.so.3 => not found

libreadline.so.6 => /lib/x86_64-linux-gnu/libreadline.so.6 (0x00007fb59468c000)

librt.so.1 => /lib/x86_64-linux-gnu/librt.so.1 (0x00007fb594483000)

 libdl.so.2 => /lib/x86_64-linux-gnu/libdl.so.2 (0x00007fb59427f000)

/lib64/ld-linux-x86-64.so.2 (0x00007fb596205000)

 libtinfo.so.5 => /lib/x86_64-linux-gnu/libtinfo.so.5 (0x00007fb594056000)

正如您所说，libgfortran.so.3 出现故障。 ¿ 有没有办法手动指示 libgfortran3.so 文件的位置？

【讨论】：