像格子一样的热图答案

【问题标题】：Heatmap like plot with Lattice像格子一样的热图
【发布时间】：2013-09-09 07:51:46
【问题描述】：

我不知道格子levelplot 是如何工作的。我已经玩了一段时间了，但找不到合理的解决方案。

样本数据：

Data <- data.frame(x=seq(0,20,1),y=runif(21,0,1))
Data.mat <- data.matrix(Data)

使用水平图绘制：

rgb.palette <- colorRampPalette(c("darkgreen","yellow", "red"), space = "rgb")

levelplot(Data.mat, main="", xlab="Time", ylab="", col.regions=rgb.palette(100),   
          cuts=100, at=seq(0,1,0.1), ylim=c(0,2), scales=list(y=list(at=NULL)))

这是结果：

因为，我不明白这个 levelplot 是如何工作的，所以我不能让它工作。我想要的是填充相应x（时间）的整个窗口的彩条。

使用其他方法的替代解决方案。

基本上，我在这里尝试绘制随时间增加的风险，其中红色是最高风险 = 1。我想可视化随着时间的推移可能增加或聚集风险的顺序。

【问题讨论】：

标签： r lattice

【解决方案1】：

?levelplot 告诉我们，如果第一个参数是矩阵，则 "'x' 提供上面描述的'z'向量，而它的行和列是分别解释为 'x' 和 'y' 向量。”，所以

> m = Data.mat[, 2, drop=FALSE]
> dim(m)
[1] 21  1
> levelplot(m)

绘制具有 21 列和 1 行的水平图，其中水平由 m 中的值确定。公式界面可能看起来像

> df <- data.frame(x=1, y=1:21, z=runif(21))
> levelplot(z ~ y + x, df)

（这些方法不会产生相同的图像）。

【讨论】：

是的，我使用了您显示的第二个选项。唯一的问题是我分配的常数总是低于 1。这给了我奇怪的答案。如果省略常数 1，那将无法按预期工作。我不明白恒定角色到底是什么。谢谢。

【解决方案2】：

很遗憾，我对lattice 了解不多，但我注意到了您的“其他方法的替代解决方案”，所以我可以建议另一种可能性：

library(plotrix)
color2D.matplot(t(Data[ , 2]), show.legend = TRUE, extremes = c("yellow", "red"))

要做很多事情来使它更漂亮。仍然，一个开始。当然，重要的是要考虑时间变量中的中断。在这个 very 简单的尝试中，隐含地假定了定期间隔，在您的示例中恰好是这种情况。

更新遵循?color2D.matplot 中“详细信息”部分中的建议：“用户必须调整绘图设备尺寸以获得规则的正方形或六边形，尤其是当矩阵不是正方形时”。好吧，好吧，相当丑陋的解决方案。

par(mar = c(5.1, 4.1, 0, 2.1))
windows(width = 10, height = 2.5)
color2D.matplot(t(Data[ , 2]),
                show.legend = TRUE,
                axes = TRUE,
                xlab = "",
                ylab = "",
                extremes = c("yellow", "red"))

【讨论】：

非常感谢。这很接近我所需要的，但正如你所说的那样，这是一个开始。我会再等一会儿，看看这里还能提供什么。将在几天内关闭此问题。再次感谢。
@Max 我稍微更新了脚本以使方块更漂亮。