基因表达和蛋白质表达之间具有Spearman相关系数的热图答案

【问题标题】：Heatmap with Spearman correlation coefficient between gene expression and protein expression基因表达和蛋白质表达之间具有Spearman相关系数的热图
【发布时间】：2021-03-31 12:08:30
【问题描述】：

我有兴趣使用图 A（Int. J. Mol. Sci. 2018 年，19 (12)，3836；https://doi.org/10.3390/ijms19123836)。我在网上搜索以查看相关代码，但这些代码给出了具有 Spearman 相关性的热图，具有相同的 X 和 Y 轴变量，如图 B 所示。（ggplot2：快速相关矩阵热图 - R 软件和数据可视化 - Easy Guides - Wiki - STHDA. 我需要一个热图，显示 1 轴 (var 1) 上的基因表达数据和其他轴 (var 2) 上的蛋白质表达的变量。提前致谢！！图片链接：https://community.rstudio.com/t/heatmap-with-correlation-coefficient/100543

【问题讨论】：

标签： r heatmap correlation

【解决方案1】：

这对你有用吗？该示例来自于 heartmaply 包的介绍。

library(dplyr)
library(heatmaply)
library(dendextend)

x  <- mtcars %>%
  head() %>%
  as.matrix()

row_dend  <- x %>% 
  dist %>% 
  hclust %>% 
  as.dendrogram %>%
  set("branches_k_color", k = 3) %>% 
  set("branches_lwd", c(1, 3)) %>%
  ladderize
# rotate_DendSer(ser_weight = dist(x))
col_dend  <- x %>% 
  t %>% 
  dist %>% 
  hclust %>% 
  as.dendrogram %>%
  set("branches_k_color", k = 2) %>% 
  set("branches_lwd", c(1, 2)) %>%
  ladderize
#    rotate_DendSer(ser_weight = dist(t(x)))

heatmaply(
  percentize(x),
  Rowv = row_dend,
  Colv = col_dend
)

【讨论】：