qsub 在 system2 函数中

Question

我想通过 R system2() 运行 qsub 作业。 .sh 脚本本身需要一些参数，我不知道如何传递它们。 我做了以下但似乎没有发生 - 作业提交给 qsub 但它消失了，我没有从脚本的输出中得到结果。

arg1, arg2, arg3 是 script.sh 需要的命令行参数

arg1<-"first"
arg2<-"second"
arg3<-"third"

system2("qsub", stdout="log.out", stderr="log.err", 
         args="-cwd -v arg1,arg2,arg3 -o out.txt -e err.txt script.sh")

我猜变量 arg1、arg2 和 arg3 在这个字符串中是不可见的。我怎样才能以不同的方式传递它们？

Answer 1

system2 的 args 参数应该是单独参数的字符向量，而不是由空格分隔的单个字符串。因此，它应该看起来像：

system2("qsub", stdout="log.out", stderr="log.err", 
         args=c("-cwd", "-v", "arg1,arg2,arg3", "-o",
                "out.txt", "-e", "err.txt", "script.sh"))

当给定一个字符串时，它将转义空格，这意味着 qsub（或任何命令）不会知道它们是单独的参数。

或者，如果您希望将参数写为单个空格分隔的字符串，您可以使用 strsplit 将其拆分：

system2("qsub", stdout="log.out", stderr="log.err", 
         args=strsplit("-cwd -v arg1,arg2,arg3 -o out.txt -e err.txt script.sh", " ")[[1]])