R中带有beta家族的gam（）的随机效应

Question

我对@9​​87654322@ 家人的gam() 分析遇到了麻烦，奇怪的是它以前运行良好。重启R后，各种错误和警告信息都出现了。

我正在分析一个比例对另一个比例 (0,1) 的影响以及一个带有 betaregression 系列的随机效应（因子）。数据如下所示。

> str(data_original)
'data.frame':   35 obs. of  17 variables:
 $ ProportionBirdsScavenging: num  0.6619 0.4062 0.6943 0.0143 0.0143 ...
 $ pointWeight              : int  3 233 10 89 4 22 44 99 89 17 ...
 $ Area                     : Factor w/ 6 levels "Hamert","KempenBroek",..: 3 1 1 1 1 1 1 1 1 2 ...
 $ OverheadCover            : num  0.7 0.671 0.679 0.79 0.62 ...

这是我的电话

mygam <- gam(ProportionBirdsScavenging ~ OverheadCover + s(Area, bs="re"), family=betar(link="logit"), data = data_original, weights = pointWeight)

当我运行它时，它会显示Error in is.factor(...) : unused argument (bs = "re")。 我已经阅读了?gam::s、?is.factor、?mgcv::gam 上的信息，搜索了互联网，但找不到任何适合我的东西。我已经尝试过更改Area 的结构，尝试了不同的参数，更新了所有包，从在线工作脚本中复制了准确​​的代码并填写了我的变量。最后一种方法告诉我，它可能与我的数据有关，而不是我的电话。据我了解，数据结构应该适合这样的分析。此外，它与之前完全相同的数据（和脚本）完美配合。

如果我在没有随机因素的情况下尝试调用

mygam <- gam(ProportionBirdsScavenging ~ OverheadCover, family = betar(link="logit"), data = data_original, weights = pointWeight)

它显示Warning message: In model.matrix.default(mt, mf, contrasts) : non-list contrasts argument ignored，但工作正常。在网上进行了一些研究后，我发现这可能与更新有关（这可以解释为什么我重新启动 R 后它的工作方式不同）。显然，这条消息过去是沉默的，但不再有新的更新。谁能证实这一点？我应该担心这个警告吗？

此外，如果我执行gam.check，它会给我Error in xy.coords(x, y, xlabel, ylabel, log) : 'x' and 'y' lengths differ，这很奇怪，因为长度相等（均为 35）。

但是，没有+ s(Area, bs="re")的gam至少不会产生错误（只有警告），但是当我尝试时会出现错误

coeftest(mygam, vcov = sandwich)

它告诉我Error in bread. %*% meat. : non-conformable arguments。没有sandwich 的coeftest 工作正常，所以它与vcov = sandwich 有关。互联网搜索并没有给出太多信息，遗憾的是没有给出答案。

有人知道这里发生了什么吗？我很想听听想法和想法。最后，我尝试运行gam 和Area 作为随机效果，但我认为其他警告和错误消息可能会导致我们遇到问题。

Answer 1

想通了。显然gam 包和mgcv 包的gam() 函数的工作方式不同。我应该使用mgcv:gam。然后它与随机效果完美配合。