矩阵索引子集与另一个矩阵答案

【问题标题】：matrix index subsetting with another matrix矩阵索引子集与另一个矩阵
【发布时间】：2017-06-02 01:44:41
【问题描述】：

将两个矩阵（一和二）匹配在一起并提取矩阵二的索引以进行匹配的快速方法是什么？矩阵二很大（数百到数千行）。

one
[,1] [,2]
   9   11
  13    2


head(two)
   [,1][,2]
[1,] 9 11
[2,] 11 9
[3,]  2 3
[4,] 13 2
[5,]  2 4
[6,]  3 3

输出应该是（注意索引 2 不是输出值）

1 4

【问题讨论】：

电脑快还是程序员快？如果只需要做一次，几千行也不算多。
stackoverflow.com/questions/12463687/…的可能重复

标签： r matrix subset

【解决方案1】：

一种方法：

a = apply(one, 1, paste0, collapse = "-")
b = apply(two, 1, paste0, collapse = "-")
match(a, b)

#[1] 1 4

我们将两个矩阵的所有列按行粘贴在一起，然后匹配它们以获得相同的行。

仅供参考，

a
#[1] "9-11" "13-2"
b
#[1] "9-11" "11-9" "2-3"  "13-2" "2-4"  "3-3"

【讨论】：

【解决方案2】：

您可以编写一个 C++ 循环来相当快地完成它

library(Rcpp)

cppFunction('NumericVector matrixIndex(NumericMatrix m1, NumericMatrix m2){

int m1Rows = m1.nrow();
int m2Rows = m2.nrow();
NumericVector out;  

for (int i = 0; i < m1Rows; i++){
  for (int j = 0; j < m2Rows; j++){

    if(m1(i, 0) == m2(j, 0) && m1(i, 1) == m2(j, 1)){
        //out[j] = (j+1);
        out.push_back(j + 1);
    }
  }
}

return out;

}')

matrixIndex(m1, m2)
[1] 1 4

虽然我怀疑先预分配结果向量会更快，比如

cppFunction('NumericVector matrixIndex(NumericMatrix m1, NumericMatrix m2){

int m1Rows = m1.nrow();
int m2Rows = m2.nrow();
NumericVector out(m2Rows);  

for (int i = 0; i < m1Rows; i++){
  for (int j = 0; j < m2Rows; j++){

    if(m1(i, 0) == m2(j, 0) && m1(i, 1) == m2(j, 1)){
        out[j] = (j+1);
        //out.push_back(j + 1);
    }
  }
}

return out;

}')

matrixIndex(m1, m2)
[1] 1 0 0 4 0 0
## 0 == nomatch.

【讨论】：

【解决方案3】：

您不会说“快速”是指计算时间还是人员时间。如果只需要做一次，如果优化人员时间，整体时间可能是最短的，而且 Ronak 的答案将难以被击败，它清晰而稳健。

如果所有数字都小于某个数字（例如，100，如您的示例数据），您可以做类似的事情，但使用算术将两列组合在一起然后匹配。我怀疑（但尚未测试）这会比转换为字符向量更快。当然，根据您的情况，还有其他算术选项。

a <- one[,1]*100 + one[,2]
b <- two[,1]*100 + two[,2]
match(a, b)

【讨论】：

【解决方案4】：

我们可以使用%in%

which(do.call(paste, as.data.frame(two)) %in% do.call(paste, as.data.frame(one)))
#[1] 1 4

【讨论】：