在 Markdown 中循环时，edgebundle 不渲染绘图答案

【问题标题】：edgebundle doesn't render plot when in loop in markdown在 Markdown 中循环时，edgebundle 不渲染绘图
【发布时间】：2017-12-21 13:58:08
【问题描述】：

我正在尝试创建一个自动报告，其中我使用 edgebundleR 创建了一系列和弦图。

我有一个功能可以做很多事情并且或多或少有这种形式：

plot_chords <- function(x,t,pos) {
  ...
  stuff I do with the data
  ...
  g <- graph.adjacency(mydata, mode="upper", weighted=TRUE, diag=FALSE)
  return(edgebundle(g))
}

如果我不在循环中使用它，这个函数可以正常工作。如果它处于这样的循环中，则不会：

```{r echo = FALSE,message=FALSE, warning = FALSE,results = "asis"}
for (c in unique(df$Group)) {

  cat("\n\n## ",c," - Negative Correlations (min r=",t_neg," - only significative)\n\n")
  plot_chords(subset(df, Group == c),0.5,0)

}
```

我发现一般来说，除非我使用 print，否则这在循环内不起作用：

for (c in unique(df$Group)) {
  temp=df[df$Group == c,]
  print(plot_chords(temp,0.5,0))
}

但是打印在markdown中不起作用。

如何渲染情节？

谢谢。

【问题讨论】：

标签： r knitr r-markdown data-visualization igraph

【解决方案1】：

edgebundle 调用返回一个htmlwidget 并且正如您所指出的，在不在循环中时也可以正常工作。针对您的情况的解决方案是使用 for 循环在临时文件中生成几个特定的 R 代码块，然后将该临时文件作为主 .Rmd 文件中的子文件进行评估。

例如，在 .Rmd 文件中，这两个块将加载所需的包并定义一个函数 foo，该函数创建并显示一个随机的边束。

```{r}
set.seed(42)
library(edgebundleR)
library(igraph)
```

## test the function

```{r}
foo <- function() {
  adjm <- matrix(sample(0:1, 100, replace = TRUE, prob = c(0.6, 0.4)), nc = 10)
  g <- graph.adjacency(adjm)
  edgebundle(g)
}
```

在一个块中调用foo 两次将在输出.html 文档中按预期工作。

```{r}
foo()
foo()
```

要在for 循环中生成多个边缘预算，请尝试此操作。编写一个 for 循环以使用所需的 R 块填充 temp.Rmd 文件。您需要根据您的应用程序的需要对其进行修改。

## test the function in a for loop

```{r}
tmpfile <- tempfile(fileext = ".Rmd")
for(i in 1:3) {
  cat("### This is edgebundle", i, "of 3.\n```{r}\nfoo()\n```\n",
      file = tmpfile, append = TRUE) 
}
```

tmpfile 的内容如下所示：

### This is edgebundle 1 of 3.
```{r}
foo()
```
### This is edgebundle 2 of 3.
```{r}
foo()
```
### This is edgebundle 3 of 3.
```{r}
foo()
```

要在主输出文件中显示小部件，请使用如下块：

```{r child = tmpfile}
```

完整的.Rmd 文件和结果：

example.Rmd：

# edgebundleR and knitr
Answer to https://stackoverflow.com/questions/47926520/edgebundle-doesnt-render-plot-when-in-loop-in-markdown

```{r}
set.seed(42)
library(edgebundleR)
library(igraph)
```

## test the function

```{r}
foo <- function() {
  adjm <- matrix(sample(0:1, 100, replace = TRUE, prob = c(0.6, 0.4)), nc = 10)
  g <- graph.adjacency(adjm)
  edgebundle(g)
}
foo()
foo()
```

## test the function in a for loop

```{r}
tmpfile <- tempfile(fileext = ".Rmd")
for(i in 1:3) {
  cat("### This is edgebundle", i, "of 3.\n```{r}\nfoo()\n```\n",
      file = tmpfile, append = TRUE) 
}
```

```{r child = tmpfile}
```

```{r}
print(sessionInfo(), local = FALSE)
```

【讨论】：

我很惊讶没有更简单（更优雅）的解决方案，但这个解决方案可以完成工作。