是否有一种简单的方法可以在 R 的 igraph 中按度数对网络节点进行着色？

Question

使用 R 的 igraph 包，我想按度数为网络节点着色。颜色应该代表一个渐变，例如从蓝色到红色，或从黄色到红色，从网络中观察到的最低到最高程度。

我在这里使用函数setNames 和colorRampPalette 找到了a working solution。

不过，是否还有其他解决方案，使用 R 调色板，例如 heat.colors 或 brewer.pal？

让我举个例子，模拟我正在分析的网络类型：

g <- sample_bipartite(8, 20, type = "gnm", m = 29)

degrees <- degree(g)

colors <- heat.colors(length(unique(degrees)))

plot(g,
     vertex.color = colors)

你看到了吗？颜色渐变与度数渐变不匹配。

颜色的顺序如何与度数的顺序相匹配，从最低到最高？

非常感谢！

Answer 1

我不确定这是不是最好的方法，尤其是在你有很多值的情况下，或者如果网络被加权，则为连续中心性。在这种情况下，最好有间隔。

但是，如果您的数据与示例中的数据相似，这可能会有所帮助：

library(igraph)
g <- sample_bipartite(8, 20, type = "gnm", m = 29)

V(g)$degree <- degree(g)

#' maybe it s better to have a full sequence, instead of the unique values,
#' in case you have large gaps in between the unique degree values?
#' If not, can use unique values, as in your example
uni_all <- seq( min(V(g)$degree), max(V(g)$degree))

colors <- data.frame( color = heat.colors(length(uni_all), rev = T),
                      levels = uni_all)
  
# Use match to get the index of right color, matching on levels
V(g)$color <- colors$color[match(V(g)$degree, colors$levels)]

# use degree as labels
V(g)$label <- V(g)$degree


plot(g)

如果您想检查哪些颜色已分配给哪些节点：

k <- as_data_frame(g, what = "vertices")