python subprocess.call() 在将参数传递给shell脚本之前修改参数？

Question

我正在编写一个 python 包装器，用于调用 AMOS 包的程序（特别是用于使用来自 AMOS 的良好 ol' minimus2 合并来自不同来源的基因组程序集）。

直接使用shell时脚本应该这样调用：

toAmos -s myinput.fasta -o testoutput.afg
minimus2 testoutput -D REFCOUNT=400 -D OVERLAP=500

[只是为了澄清：

-toAmos：将我的 input.fasta 文件转换为 .afg 格式并需要一个输入序列参数（“-s”）和一个输出参数（“-o”）

-minimus2：将序列数据集与参考重叠群合并，需要一个参数“-D REFCOUNT=x”来说明输入中的参考序列的数量，以及一个参数“-D OVERLAP=Y”来说明序列之间的最小重叠]

所以在我的脚本中，我使用 subprocess.call() 来调用必要的 AMOS 工具。

基本上我是这样做的：

from subprocess import call:
output_basename = "testoutput"
inputfile = "myinput.fasta"

call(["toAmos", "-s " + inputfile, "-o " + output_basename + ".afg"])
call(["minimus2", output_basename, "-D REFCOUNT=400", "-D OVERLAP=500"])

但在这种情况下，AMOS 工具无法再解释参数。参数似乎被 subprocess.call() 修改并错误传递。我得到的错误信息是：

Unknown option: s myinput.fasta
Unknown option: o testoutput.afg
You must specify an output AMOS AFG file with option -o
/home/jov14/tools/miniconda2/bin/runAmos: unrecognized option '-D REFCOUNT=400'
Command line parsing failed, use -h option for usage info

似乎参数在没有前导“-”的情况下通过了？所以我然后尝试将命令作为单个字符串（包括参数）传递，如下所示：

call(["toAmos -s " + inputfile +" -o " + output_basename + ".afg"])

然后我得到这个错误......

OSError: [Errno 2] No such file or directory

...大概是因为 subprocess.call 将整个字符串解释为单个脚本的名称。 我想我可以尝试shell=True 作为一种解决方法，但互联网上充满了明确建议不要这样做的说明。

这里似乎有什么问题？ 我能做什么？

Answer 1

回答

要么做：

call("toAmos -s " + inputfile +" -o " + output_basename + ".afg") # single string

或者做：

call(["toAmos", "-s", inputfile, "-o", output_basename + ".afg"]) # list of arguments

讨论

如果是您的：

call(["toAmos", "-s " + inputfile, "-o " + output_basename + ".afg"])

你应该提供：

• "-s" + inputfile（-s 后面没有空格）、"-o" + output_basename + ".afg"
• 或"-s", inputfile（单独的参数），"-o", output_basename + ".afg"

如果是您的：

call(["minimus2", output_basename, "-D REFCOUNT=400", "-D OVERLAP=500"])

"-D REFCOUNT=400" 和 "-D OVERLAP=500" 应分别作为两个项目提供 ('-D', 'REFCOUNT=400', '-D', 'OVERLAP=500')，或删除空格 ('-DREFCOUNT=400', '-DOVERLAP=500')。

附加信息

您似乎缺乏关于 shell 如何拆分命令行的知识；我建议您始终使用单字符串方法，除非文件名中有空格或者您必须使用shell=False 选项；在这种情况下，我建议您始终提供参数列表。

Answer 2

-s 和以下输入文件名应该是 call 的单独参数，因为它们在命令行中：

call(["toAmos", "-s", inputfile, "-o", output_basename + ".afg"])