基于相同的列名或 R 中的单独 df 聚合/求和/计数值

Question

我一直在尝试几种不同的方式（聚合、colSum、tally 等），但我很挣扎。

我有一个包含样本结果的大型数据集（100 列，1,000,000 行），其中我已将各个样本名称替换为它们所属类别的名称。 （我需要按类别统计每个数据点的总数。

Sequence   position  cat1  cat1  cat2  cat2  cat2  cat3  cat3
abfsgdfy   a         0     1     0     1     0     1     1
abfsgdfy   b         0     0     1     1     1     1     0
dgdtecgd   b         1     1     1     0     0     0     0

我知道不希望有相同的列名，所以我一直在尝试转置数据，然后使用它。但这也没有让我走得太远。

我正在寻找的输出将是：

Sequence  position  cat1  cat2  cat3
abfsgdfy   a        1     1     2 
abfsgdfy   b        0     3     1
dgdtecgd   b        2     1     0

如果有帮助，我有一个表格可以将样本名称转换为更大的类别组：

Type    Name
cat1    sample1
cat1    sample2
cat2    sample3
cat2    sample4
cat2    sample5
cat3    sample6
cat3    sample7

感谢您的帮助！

Answer 1

这个怎么样？

library("tidyverse")
df = tibble(c("abfsgdfy", "abfsgdfy", "dgdtecgd"),
                c("a", "b", "b"),
                c(0, 0, 1),
                c(1, 0, 1),
                c(0, 1, 1),
                c(1, 1, 0),
                c(0, 1, 0))
colnames(df) = c("Sequence", "position", "cat1", "cat1", "cat2", "cat2", "cat2")

# rename column names to make them unique:
newcols = c("Sequence", "position", paste0("c", 1:(ncol(df)-2)))
oldcols = colnames(df)
colnames(df) = newcols

# make a crosswalk
col_cross = tibble(oldcols = oldcols,
                   newcols = newcols)

# gather the new columns, summarize across the old columns, spread
df %>% 
  gather(key = "newcols", value = "val", -Sequence, -position) %>% 
  left_join(col_cross) %>% 
  group_by(Sequence, position, oldcols) %>% 
  summarize(n = sum(val)) %>% 
  spread(key = oldcols, value = n, fill = 0)

Answer 2

不一样的tidyverse 可能性：

repair_names(df, prefix = "cat", sep = "_") %>% 
 rowid_to_column() %>%
 gather(var, val, -c(Sequence, position, rowid)) %>%
 mutate(temp = sub("\\_.*", "", var)) %>%
 arrange(rowid) %>%
 group_by(Sequence, position, temp) %>%
 summarise(res = sum(val),
           rowid = first(rowid)) %>%
 spread(temp, res) %>%
 select(-rowid)

  Sequence position  cat1  cat2
  <chr>    <chr>    <dbl> <dbl>
1 abfsgdfy a           1.    1.
2 abfsgdfy b           0.    3.
3 dgdtecgd b           2.    1.

首先，它将列名更改为具有"cat" 前缀和"_" 作为分隔符。其次，它将数据从宽格式转换为长格式。第三，使用sub("\\_.*", "", var) 它采用"_" 之前的字符串。然后，它对这些值求和。最后，它将数据返回为宽格式。

使用@svenhalvorson 提供的样本数据：

df <- tibble(c("abfsgdfy", "abfsgdfy", "dgdtecgd"),
            c("a", "b", "b"),
            c(0, 0, 1),
            c(1, 0, 1),
            c(0, 1, 1),
            c(1, 1, 0),
            c(0, 1, 0))
colnames(df) <- c("Sequence", "position", "cat1", "cat1", "cat2", "cat2", "cat2")