在R中相交轮廓和多边形

Question

我已经尝试了几天来创建轮廓，然后在同一个文件上绘制 shapefile 和轮廓。现在，我可以在同一个图上创建轮廓和 shapefile。我想用 shapefile 剪辑轮廓，只显示 shapefile。

数据 temp.csv 可以在这个链接上找到https://www.dropbox.com/s/mg2bo4rcr6n3dks/temp.csv Shapefile 可以在以下位置找到：https://www.dropbox.com/sh/ztvmibsslr9ocmc/YOtiwB8p9p

脚本文件 image.scale.R 可以在以下位置“https://www.dropbox.com/s/2f5s7cc02fpozk7/image.scale.R”找到

我目前使用的代码如下：

## Required packages 
library(maptools) 
library(rgdal) 
library(sp) 
library(maptools) 
library(sm) 
require(akima) 
require(spplot) 
library(raster) 
library(rgeos)

## Set Working Directory 
setwd("C:\\Users\\jdbaba\\Documents\\R working folder\\shape")

## Read Data from a file 
age2100 <- read.table("temp.csv",header=TRUE,sep=",")

x <- age2100$x 
y <- age2100$y   
z <- age2100$z

####################################
##Load the shape file 
##################################### 
shapefile <- readShapePoly("Export_Output_4.shp")

fld <- interp(x,y,z)

par(mar=c(5,5,1,1)) filled.contour(fld)

###Import the image.scale 
source source("image.scale.R")

#http://menugget.blogspot.de/2011/08/adding-scale-to-image-plot.html

x11(width=8, height=7) 
layout(matrix(c(1,2), nrow=1, ncol=2), widths=c(6,1), height=6, respect=TRUE) 
layout.show(2)

par(mar=c(4,4,1,2)) 
image(fld,axes=T) 
contour(fld, add=TRUE)
#points(age2100$x,age2100$y, pch=".", cex=2,legend=F) 
plot(shapefile,add=T,lwd=2) 
box()
par(mar=c(4,0,1,4)) 
image.scale(fld, xlab="Eastings", ylab="Northings", xaxt="n", yaxt="n", horiz=FALSE)

axis(4)
mtext("Salinity", side=4, line=2.5)

以上代码的输出如下：

现在，我想从多边形 shapefile 中去除彩色渐变和轮廓，只留下相交部分。

非常感谢任何帮助。

研究：我在 Stack exchange Gis 上找到了这个链接 https://gis.stackexchange.com/questions/25112/clip-depth-contour-with-spatial-polygon，我尝试按照这种方法创建轮廓时总是出错。

我在 https://stat.ethz.ch/pipermail/r-sig-geo/2009-May/005793.html 上发现了另一个类似的帖子。但我无法让它在我的数据集上工作。

我要感谢框中的 Marc 帮助我达到了这一点。

谢谢。

Answer 1

确实，@baptiste 为您提供了解决方案的强烈提示，recent paper by Paul Murrell。 Paul 很慷慨地为我们提供了他整个论文手稿的代码，您可以从his personal website 获得。在副题上，保罗用这篇论文展示了可重复研究的美丽例子。一般来说，我采取了以下方法：

• 从 shapefile 中提取纬度和经度坐标（执行此操作的函数是 here，由 Paul Hiemstra 编写），
• 使用您的代码绘制所有内容，

• 并使用polypath 删除 shapefile 定义的边界之外的所有内容，使用提取的坐标作为基线。

  #function to extract coordinates from shapefile (by Paul Hiemstra)
  allcoordinates_lapply = function(x) { 
      polys = x@polygons 
      return(do.call("rbind", lapply(polys, function(pp) { 
             do.call("rbind", lapply(pp@Polygons, coordinates)) 
             }))) 
  } 
  q = allcoordinates_lapply(shapefile)
  
  #extract subset of coordinates, otherwise strange line connections occur...
  lat = q[110:600,1]
  long = q[110:600,2]
  
  #define ranges for polypath
  xrange <- range(lat, na.rm=TRUE)
  yrange <- range(long, na.rm=TRUE)
  xbox <- xrange + c(-20000, 20000)
  ybox <- yrange + c(-20000, 20000)
  
  #plot your stuff
  plot(shapefile, lwd=2)
  image(fld, axes=F, add=T)
  contour(fld, add=T)
  #and here is the magic 
  polypath(c(lat, NA, c(xbox, rev(xbox))),
           c(long, NA, rep(ybox, each=2)),
           col="white", rule="evenodd")