Itertools 生成加扰组合答案

【问题标题】：Itertools to generate scrambled combinationsItertools 生成加扰组合
【发布时间】：2013-07-28 20:02:06
【问题描述】：

我想要做的是获得所有组合以及每个组合的所有唯一排列。与替换功能的组合只让我到目前为止：

from itertools import combinations_with_replacement as cwr
foo = list(cwr('ACGT', n)) ## n is an integer

我对如何前进的直觉是做这样的事情：

import numpy as np
from itertools import permutations as perm
bar = []
for x in foo:
    carp = list(perm(x))
    for i in range(len(carp)):
        for j in range(i+1,len(carp)):
             if carp[i] == carp[j]:
                 carp[j] = ''
    carp = carp[list(np.where(np.array(carp) != '')[0])]
    for y in carp:
        bar.append(y)
for i in range(len(bar)):
    for j in range(i+1,len(bar)):
         if bar[i] == bar[j]:
             bar[j] = ''
bar = [bar[x2] for x2 in list(np.where(np.array(bar) != '')[0])]

有没有更高效的算法？

【问题讨论】：

标签： python numpy combinatorics bioinformatics itertools

【解决方案1】：

听起来您正在考虑一种“替换排列”，其中排列大小为 2 的 'AB' 输入将给出输出

AA
AB
BA
BB

如果是这样，那就是输入的 Cartesian product 与自身 n 次。你要itertools.product:

>>> import itertools
>>> list(itertools.product('AB', repeat=2))
[('A', 'A'), ('A', 'B'), ('B', 'A'), ('B', 'B')]

【讨论】：