来自 biopython 的肌肉非零返回码 137答案

【问题标题】：muscle from biopython Non-zero return code 137来自 biopython 的肌肉非零返回码 137
【发布时间】：2016-09-21 08:44:10
【问题描述】：

我是 python 领域的新手，但我想使用 biopython 来对齐一些 DNA 序列。我从互联网上得到了一个脚本，并按如下方式运行它（~ 是我的主路径的缩写）：

~$ python
Python 3.5.1 (default, Jul  3 2016, 12:57:35)
[GCC 5.4.0 20160609] on linux
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> from Bio.Align.Applications import MuscleCommandline
>>> muscle_exe = r"/usr/bin/muscle"
>>> in_file = r"~/SpiderOak Hive/LAB/Lab book/Ery/Seqs/tester.fasta"
>>> out_file = "~/SpiderOak Hive/LAB/Lab book/Ery/Seqs/tester_aligned.fasta"
>>> muscle_cline = MuscleCommandline(muscle_exe, input=in_file, out=out_file)
>>> print(muscle_cline)
/usr/bin/muscle -in "~/SpiderOak Hive/LAB/Lab
book/Ery/Seqs/tester.fasta" -out "~/SpiderOak Hive/LAB/Lab
book/Ery/Seqs/tester_aligned.fasta"

但是在启动应用程序时我得到了：

>>> muscle_cline()
Traceback (most recent call last):
  File "<stdin>", line 1, in <module>
  File "/opt/python3.5/lib/python3.5/site-packages/Bio/Application/__init__.py",
line 516, in __call__
    stdout_str, stderr_str)
Bio.Application.ApplicationError: Non-zero return code 137 from
'/usr/bin/muscle -in "/home/gigiux/SpiderOak Hive/LAB/Lab
book/Ery/Seqs/tester.fasta" -out "/home/gigiux/SpiderOak Hive/LAB/Lab
book/Ery/Seqs/tester_aligned.fasta"', message 'MUSCLE v3.8.31 by
Robert C. Edgar'
>>>

会有什么问题？我在网上看到这可能是由于内存问题；在那种情况下，代码可以吗？以及如何运行大型对齐？

还有：我为什么要使用 = r"path" 而不是简单的 "path"？

非常感谢，

路易吉

【问题讨论】：

r'path' 的问题是stackoverflow.com/questions/19065115/python-windows-path-slash -- 你在问之前谷歌了吗？
错误信息明确指出/usr/bin/muscle失败。这不是您的 Python 代码的问题，因此（尽管它可能包含无效的假设）。请参阅 muscle 文档以找出失败的原因——无论如何，如果无法访问失败的代码，我们就无法判断它的对错。
Why does my Perl script exit with 137?的可能重复

标签： biopython

【解决方案1】：

您的代码似乎是正确的，它适用于小对齐。 137 状态码可能与 this question 中的“内存不足”杀死有关。使用命令 dmesg 检查最后的内核消息，查找以下行：

kernel: Out of memory: Kill process 52959 (java) score 164 or sacrifice child

【讨论】：