cython memoryview 不比 ndarray 快

Question

我有一个用常规numpy ndarray 编写的函数，另一个用typed memoryview 编写的函数。但是，我无法让memoryview 版本比普通版本运行得更快（不像memoryview benchmarks 等许多博客）。

任何提高 memoryview 代码速度与 numpy 替代方案相比的指针/建议将不胜感激！ ...或者...如果有人能指出为什么 memoryview 版本没有比常规 numpy 版本快多少的明显原因

在下面的代码中有两个函数，它们都接受两个向量bi和xi并返回一个矩阵。第一个函数shrink_correl 是常规的numpy 版本，第二个函数shrink_correl2 是memoryview 替代方案（让文件为sh_cor.pyx）。

# cython: boundscheck=False
# cython: wraparound=False
# cython: cdivision=True

cimport cython
cimport numpy as np
import numpy as np
from numpy cimport ndarray as ar

# -- ***this is the Regular Cython version*** -
cpdef ar[double, ndim=2, mode='c'] shrink_correl(ar[double, ndim=1, mode='c'] bi, ar[double, ndim=1, mode='c'] xi):
    cdef:
        int n_ = xi.shape[0]
        int n__ = int(n_*(n_-1)/2)
        ar[double, ndim=2, mode='c'] f = np.zeros([n__, n_+1])
        int x__ = 0
        ar[double, ndim=2, mode='c'] f1 = np.zeros([n_, n_+1])
        ar[double, ndim=2, mode='c'] f2 = np.zeros([n__, n_+1])
        ar[double, ndim=1, mode='c'] g = np.zeros(n_+1)
        ar[double, ndim=1, mode='c'] s = np.zeros(n__)
        ar[double, ndim=2, mode='c'] cori_ = np.zeros([n_, n_])
        Py_ssize_t j, k

    with nogil:
        for j in range(0, n_-1):
            for k in range(j+1, n_):
                x__ += 1
                f[x__-1, j] = bi[k]*xi[k]*1000
                f[x__-1, k] = bi[j]*xi[j]*1000
    f1 = np.dot(np.transpose(f), f)      
    with nogil:
        for j in range(0, n_):
            f1[n_, j] = xi[j]*1000
            f1[j, n_] = f1[n_, j]
    f2 = np.dot(f, np.linalg.inv(f1))
    with nogil:
        for j in range(0, n_):
            g[j] = -bi[j]*xi[j]*1000

    s = np.dot(f2, g)

    with nogil:
        for j in range(0, n_):
            cori_[j, j] = 1.0
    x__ = 0

    with nogil:
        for j in range(0, n_-1):
            for k in range(j+1, n_):
                x__ += 1
                cori_[j, k] = s[x__-1]
                cori_[k, j] = cori_[j, k]
    return cori_

# -- ***this is the MemoryView Cython version*** -    
cpdef ar[double, ndim=2, mode='c'] shrink_correl2(double[:] bi, double[:] xi):
    cdef:
        int n_ = xi.shape[0]
        int n__ = int(n_*(n_-1)/2)
        double[:, ::1] f = np.zeros([n__, n_+1])
        int x__ = 0
        double[:, ::1] f1 = np.zeros([n_, n_+1])
        double[:, ::1] f2 = np.zeros([n__, n_+1])
        double[:] g = np.zeros(n_+1)
        double[:] s = np.zeros(n__)
        double[:, ::1] cori_ = np.zeros([n_, n_])
        ar[double, ndim=2, mode='c'] cori__ = np.zeros([n_, n_])
        Py_ssize_t j, k
    with nogil:
        for j in range(0, n_-1):
            for k in range(j+1, n_):
                x__ += 1
                f[x__-1, j] = bi[k]*xi[k]*1000
                f[x__-1, k] = bi[j]*xi[j]*1000
    f1 = np.dot(np.transpose(f), f)      
    with nogil:
        for j in range(0, n_):
            f1[n_, j] = xi[j]*1000
            f1[j, n_] = f1[n_, j]
    f2 = np.dot(f, np.linalg.inv(f1))
    with nogil:
        for j in range(0, n_):
            g[j] = -bi[j]*xi[j]*1000

    s = np.dot(f2, g)

    with nogil:
        for j in range(0, n_):
            cori_[j, j] = 1.0
    x__ = 0

    with nogil:
        for j in range(0, n_-1):
            for k in range(j+1, n_):
                x__ += 1
                cori_[j, k] = s[x__-1]
                cori_[k, j] = cori_[j, k]
    cori__[:, :] = cori_
    return cori__

这是使用以下setup.py代码编译的

from distutils.core import setup
from distutils.extension import Extension
from Cython.Distutils import build_ext
import numpy as np
import os

ext_modules = [Extension('sh_cor', ['sh_cor.pyx'], include_dirs=[np.get_include(),
                                                                 os.path.join(np.get_include(), 'numpy')],
                         define_macros=[('NPY_NO_DEPRECATED_API', None)],
                         extra_compile_args=['-O3', '-march=native', '-ffast-math', '-flto'],
                         libraries=['m']
                         )]

setup(
    name="Sh Cor",
    cmdclass={'build_ext': build_ext},
    ext_modules=ext_modules
)

用于测试速度的代码是

import numpy as np
import sh_cor  # this the library created by the setup.py file
import time

b = np.random.random(400)
b = b/np.sum(b)

x = np.random.random(400)-0.5

n = 10 

t0 = time.time()
for i in range(n):
    v1 = sh_cor.shrink_correl(b, x)
t1 = time.time()
print((t1-t0)/n)

t0 = time.time()
for i in range(n):
    v2 = sh_cor.shrink_correl2(b, x)
t1 = time.time()
print((t1-t0)/n)

我的电脑上的输出是：

0.7070999860763549   # regular numpy
0.6726999998092651   # memoryview

使用 memoryview（在上面的代码中）只给我 5% 的速度提升（不像博客中的巨大速度提升）。

Answer 1

@uday 给我大约一周的时间，因为我的电脑少了，但这里是加快速度让你开始的地方：1）而不是使用 np.transpose 附加 gil 创建一个与你想要转置的内容相同的内存视图在任何循环之前（即您将变量 f 声明为不需要 gil 的内存视图，只需在该 f_t 上创建一个视图，即 cdef double[:, ::1] f_T = np.transpose(f) 或只是 =f.T。

2) 这一步有点棘手，因为您需要 np.dot 的 C/C++ 样式包装器版本（所以在这种情况下，请确保对 dgemm 函数的调用在其上方是 with nogil: 并缩进下一行释放具有 4 个空格缩进 SO 的 gil 的函数需要）：https://gist.github.com/pv/5437087。该示例看起来可行（尽管您必须将包含 f2pyptr.h 文件保存并将其放在正在构建项目的位置；我还怀疑您应该添加 cimport numpy as np）；如果不是，它需要模组，你可以看到我在另一篇文章中所做的那样：Calling BLAS / LAPACK directly using the SciPy interface and Cython (pointer issue?)/- also how to add MKL 然后你需要在顶部添加from cython.parallel cimport prange 并将所有循环从range 更改为prange 并成为确保您的所有prange 部分都是nogil 并且所有变量都是cdef 在操作之前声明的。此外，您必须将-openmp 添加到编译器参数中的 setup.py 以及指向其包含库的链接。如果您需要澄清，请提出更多问题。这并不像应有的那么容易，但是通过一些指导变得非常简单。基本上，一旦您的 setup.py 被修改为包含它将继续工作的所有内容。

3) 尽管可能最容易修复 - 摆脱该列表。如果您需要文本和数据，请将其设为 numpy 数组或 pandas 数据框。每当我使用数据列表时，速度的下降都是令人难以置信的。