如何使用对象列表的内容作为循环修改python中数据框的条件答案

【问题标题】：How to use the content of a list of objects as a condition for a loop to modify a dataframe in python如何使用对象列表的内容作为循环修改python中数据框的条件
【发布时间】：2016-04-18 03:10:34
【问题描述】：

这是我的问题。我有一个对象“列表”和一个数据框，如下所示：

                 0
0  hsa-let-7f-2-3p
1  hsa-let-7f-2-5p
2   hsa-miR-105-3p
3   hsa-miR-105-5p
6  hsa-miR-106a-3p

和

               Gene_ID  miRNA_family_ID
1452449   NM_001038707  hsa-let-7f-2-3p
14537388     NM_058241  hsa-let-7f-2-3p
14540512     NM_078467  hsa-let-7f-2-3p
15618969     NM_153051  hsa-let-7f-2-3p
5500627   NM_001184880  hsa-let-7f-2-3p

他们的 len.index 是不同的对于“列表”

`>>> len(miRNAs.index)`

175

>>> len(Alvos_Mir.index)

18744

它们的两个 dtypes 都是对象。

我真正需要做的是使用列表的内容与miRNA_family_ID 列进行比较，以将所有具有它的Gene_ID 保存在.csv 文件中，因为它是miRNA。

我尝试做的是：

for i in range(len(miRNAs)):
        GenesAlvo_miRNA = [Alvos_Mir['miRNA_family_ID'] == miRNAs[i]];
        colunas_interesse_to_save = GenesAlvo_miRNA.ix[:, ['Gene_ID']];
        #here i put the values.tolist() beacause I need the format of the output to be like (1,2,3,4,5) and not as a column
        colunas_interesse_to_save = colunas_interesse_to_save.values.tolist()
        #I need that the name of the output file is the content current being compare
        colunas_interesse_to_save.to_csv(miRNAs[i], index=False)

我收到错误：

Traceback (most recent call last):
  File "<stdin>", line 2, in <module>
  File "/home/beatriz/anaconda/lib/python2.7/site-packages/pandas/core/ops.py", line 582, in wrapper
  raise ValueError('Series lengths must match to compare')
  ValueError: Series lengths must match to compare

有什么建议吗？提前致谢

【问题讨论】：

我需要创建多个新文件，命名为每个 miRNA_id，包含每个 miRNA_ID 的多个基因 ID。也就是说，我需要根据每个 miRNA_id 将原始文件拆分为多个包含gene_id 列的行的文件。每个文件一个 miRNA_ID。这更清楚吗？非常感谢您的帮助

标签： python bioinformatics genetics

【解决方案1】：

我不确定您是将内容保存在同一个文件中还是不同的文件中，但如果您想将内容保存在不同的文件中，您可以尝试以下操作：

for k, v in Alvos_Mir.groupby('miRNA_family_ID'):
    if k in miRNAs: v.to_csv(k+'.csv')

【讨论】：